全脑模拟软件包
tvb-framework的Python项目详细描述
TVB框架
虚拟大脑框架是一个完整的框架，包括：
- 可插入的工作流管理器；
- 数据持久层（具有关系数据库和文件存储）；
- 基于HTML5的用户界面；
- 神经科学相关实体的可视化工具。
使用此代码的最简单方法是 TVB的一个发行版，带有python和所有必要的链接包， 然后在附近克隆这个回购协议。更多详细信息in our documentation。
另外，如果你打算长期与TVB合作，广泛地 修改代码，添加新的依赖项，或者只想使用自己的 python安装，您可能需要阅读以下内容： here。
如果您不需要上面列出的框架特性，那么模拟器 相关的科学模块可以独立使用；请参见 那tvb-library 回购。
使用量
要使用tvb代码，请从github（https://github.com/the-virtual-brain/tvb-framework）克隆，或从pypi获取：
pip install tvb-framework python -m tvb.interfaces.web.run WEB_PROFILE tvb.config
端口8080应该是免费的，因为cherrypy服务会尝试在那里运行。 默认浏览器应该自动打开http://localhost:8080/，这是 与无线电视网络互动。
从源（pypi或github，而不是tvb_发行版）使用时，如果希望启用bct适配器，则应 手动下载bcthttps://sites.google.com/site/bctnet/ 并将env变量bct_path设置到解压缩bct的目录，另外还有octave或 Matlab安装时启用了命令行API。
测试
对于测试包，Pytest 使用框架。pytest可以使用pip安装。
pytest将运行当前目录及其子目录中的所有文件 形式test.py或*u test.py。 一般来说，它遵循standard test discovery rules
运行测试的命令有两种形式。 使用tvb框架的git克隆时的建议：
cd [folder_where_tvb_framework_is] pytest tvb/test/framework [--profile=TEST_POSTGRES_PROFILE] [--junitxml=path] # default profile value is TEST_SQLITE_PROFILE
从pypi安装tvb时，运行tvb测试的第二种替代形式是：
pip install -U tvb-framework pytest --pyargs tvb.tests.framework
覆盖范围
可以使用以下命令生成覆盖率报告：
pip install pytest-cov cd [folder_where_tvb_framework_is] py.test --cov=tvb tvb/tests/ --cov-branch --cov-report xml:[file_where_xml_will_be_generated]
其他资源
- 对于问题跟踪，我们使用jira:http://req.thevirtualbrain.org
- 有关API文档和实时演示，请查看以下内容： http://docs.thevirtualbrain.org
- 可以加入虚拟大脑用户的公共邮件列表 然后使用：tvb-users@googlegroups.com
- 原始演示ipython笔记本可以在以下位置找到： https://github.com/the-virtual-brain/tvb-documentation/tree/master/demos
欢迎加入QQ群-->： 979659372
