bngl模型与kappa模型的转换
TRuML的Python项目详细描述
摘要
truml是一个python应用程序，用于翻译用kappa或bionetgen语言（bngl）编写的模型。 换成另一种语言。目前，truml只与python 2兼容，目前正在努力使truml适应 与Python3一起使用。文档可以在Read the Docs
用法
truml在命令行上使用命令truml调用。所有选项都可以用-h或^{tt3}看到$ 标志：
truml -h
使用命令将用bngl编写的模型转换为kappa语言：
truml -b model.bngl
相应的Kappa模型将存在于源BNGL文件的同一目录中。反向翻译 以相同的方式完成：
truml -k model.ka
可以实现不同程度的冗长。truml使用python的日志库来跟踪翻译过程， 它的默认日志记录级别是warning。-v（--verbose）和-d（--debug）标志将设置 分别将级别记录到INFO和DEBUG。日志输出可以重定向到具有-l（--log_file）的文件 标志和相应的文件名。
请注意，truml只转换模型结构。它不考虑任何模拟或模拟扰动 两种语言的指令。
注意事项
这两种语言是不可互换的（有两种语言的模型不能完全翻译成 其他）。在许多情况下，truml会显式地提出问题。然而，这两种语言仍在开发中，而且 无法识别的不兼容可能导致翻译过程崩溃。一些无法准确翻译的案例 包括：
bngl到kappa
Patterns containing molecules in complex but without explicit binding:
A().B()
kappa到bngl
- Models containing infinities (^{tt10}$)
最后，bionetgen语言对于不同的模拟引擎的解释略有不同。NFSIM引擎 不考虑规则右侧的分子限制。因为这和卡帕的 局部模式表示（不能考虑右手侧分子），truml采用此约定。
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