Traitar-微生物特性分析仪
traitar的Python项目详细描述
Traitar–微生物特性分析仪
Traitar是一个用于描述 核苷酸或蛋白质序列。它能准确地表现出67种不同的表型。 特征
目录
< div >安装
有关安装说明，请参见安装说明。
基本用法
traitar表型<；in dir>；<；样本文件>；来自核苷酸<；out dir>；
将触发traitar的标准 工作流 ，即预测打开 用浪子读取帧，注释提供的编码序列 pfam家系所有样本中的核苷酸fastas 最后根据67个性状的模型预测表型。
示例文件有一列用于示例文件名，另一列用于 由用户指定的名称。您还可以指定 第三列中的样本，将显示在生成的绘图中。 模板如下-标题行是必需的；请 还要查看打包示例数据的示例文件：
< div >traitar表型<；in dir>；<；样本文件>；来自_genes<；out_dir>；
假设基因预测已经在外部进行。在 这个案例分析将从pfam注释开始。如果输出 目录已经存在，traitar将提供重新计算或恢复 个别分析步骤。此选项仅在进程 以交互方式运行。
并行使用
traitar可以从并行执行中获益。参数集 使用的进程数，例如使用两个进程的 -c 2
traitar表型<；in dir>；<；样本文件>；从_核苷酸输出_dir -c 2
这需要按照上述说明安装GNU并行。
检查表型分类模型
traitar可以用来检测每个表型的蛋白质家族 型号：
Traitar Show‘葡萄糖发酵罐
将显示大多数功能，即贡献 利用phypat 一些基因组序列的分类器。VIA–用户可以指定的预测器 分类器（phypat，phypat+pgl）。
使用打包的示例数据运行traitar
traitar表型 <；traitar-dir>；/数据/样本数据 <；traitar-dir>；/数据/样本数据/samples.txt 来自基因<；out-dir>； -c 2 会引起灰李斯特菌和李斯特菌的表型 伊万诺维WSLC3009 。计算应在5分钟内完成。你可以 运行
```蟒蛇 python>；>>导入traitar>；>>traitar。 路径 ````
结果
特拉塔尔省基因预测结果 <；out_dir>；/基因预测中的pfam注释 <；out_dir>；/pfam_注释和表型预测 in <；out-dir>；表型预测
热图
表型预测在热图中分别总结为 热图phypat.png中的种类模式分类器，用于 在 heatmap_phypat_ggl.png中对系统发育敏感的分类器 分类器 组合在 heatmap_comb.png中并提供层次结构 表型和样本的聚类树状图。
表型预测-表格和平面文件
这些热图基于制表符分隔的文本文件，例如 预测-多数票组合.txt 。否定的预测是 编码为0，仅由纯种类分类器 1，一个由系统发育感知分类器2和一个预测 两种算法都支持3。 预测结果是统一的，多数票是统一的。txt提供了统一的版本 每行有一个预测。专家用户也可以 希望访问 相应的子文件夹 phypat 和 phypat+pgl
表型相关蛋白家族和特征轨迹
traitar将蛋白质家族和预测的表型联系起来。这个 结果可在 phypat/feat\gffs 和 ` phypat+pgl/feat-gffs 。如果用户选择了"来自核苷酸" 选项，traitar还将生成gff文件，链接名为 与重要的蛋白质家族一起生产。表型特异性 蛋白质家族注释轨迹可以通过 基因组浏览器的选择。
带有 from_genes 选项的特征轨迹（实验特征）
如果设置了from_genes选项，用户可以指定gene gff文件 通过示例文件中名为gene_gff的附加列。作为基因 不同来源的基因gff之间的ids不一致，例如img， refseq或prodigal用户需要指定基因gff的来源 文件通过-g/-gene-gff-u类型参数。仍然没有 保证目前有效。使用samples_gene_gff.txt作为 上述示例中的示例文件将生成特定于表型的pfam 两个基因组的轨迹。
traitar表型。从"基因traitar"中提取的样本"gene"gff.txt -g refseq
码头工人
有一个码头集装箱可供Traitar使用。拉开
docker拉aweimann/traitar
要为示例数据运行traitar，请执行
docker run -v <；traitar-dir>；data/sample-data:/mnt &1445e6c1992 bash -c 'traitar表型/mnt//mnt/samples.txt来自于核苷酸/mnt/traitar-out' ，
大约需要30分钟。注意并行使用有问题 所以-c选项不能保证有效。产出将归 根。所以目前你仍然需要根访问你的机器来检查 traitar_out文件夹。
引用traitar
如果您在研究中使用Traitar，请引用我们的预印本：
< div >欢迎加入QQ群-->： 979659372
