toytree 0.2.0

使用toytree绘制树

欢迎来到Toytree，这是一个用于Jupyter笔记本电脑内部的极简树操作和绘图库。toytree结合了一种流行的基于ete3库的树数据结构和基于toyplot库的现代绘图工具。toytree的目标是提供一个轻量级的python，相当于r中常用的树操作和绘图库，并以此促进python中系统发生方法的进一步发展。toytree生成丰富的交互式图形（svg+html+js），可以嵌入到jupyter笔记本或网页中，也可以用svg、pdf或png呈现出版物。

示例库

See the Cookbook section in the documentation

安装

您可以使用conda（首选）或从pip使用单个命令安装toytree及其依赖项（toyplot和numpy）。

conda install toytree -c eaton-lab

文档

请参见full documentation以查看toytree提供的所有选项。使用toytree binder在云中立即试用。

示例

# import toyplot and load a newick file from a public URLimporttoytreetre=toytree.tree("https://eaton-lab.org/data/Cyathophora.tre")# root the tree using a wildcard string matching and draw a tree figure.rtre=tre.root(wildcard='prz')rtre.draw(width=400,tip_labels_align=True);# or chain a few functions togethertre.root(wildcard='prz').drop_tips(wildcard="tham").ladderize().draw();# extensive styling options are availablertre.draw(tip_labels_color='pink',node_labels='support',node_sizes=15,node_colors="cyan",edge_style={"stroke":"darkgrey","stroke-width":3,},)