计算实代数变量的稠密样本,以便与拓扑数据分析工具一起使用。

tdasampling的Python项目详细描述


t取样

版权所有(c)2019Parker Edwards

外部要求

  1. Bertini
  2. Libspatialindex(甲 python包的需求 Rtree
  3. 一个mpiexec可执行文件,类似于可以从源代码编译的文件 here

说明

python包,用于从它们的 多项式系统。参见文章https://arxiv.org/abs/1802.07716 理论细节。它已经在linux上测试过了。

该软件包安装两个命令行脚本:

  1. tdasampling-主采样算法的入口点。
  2. 采样设置-用于设置采样目录的脚本 仅从系统中的多项式列表进行计算。

有关所有 不同的选择。

版本1.1.3

TDA采样的基本用法

$ tdasampling [options] bounds density number_of_functions_in_system execution_directory
  • bounds是一个类似-1.0,1.0,-1.0,1.0的表单列表,它指示 多项式系统的采样区域是box[-1.0,1.0] 欧氏空间中的x[-1.0,1.0]
  • execution_目录是一个至少包含以下内容的目录:
  • 包含参数同伦文件的minimizer目录 贝尔蒂尼。除非你对贝尔蒂尼有经验 sampling-setup
  • recommended,not required)参数文件parameters.json。 格式见示例。如果包含parameters.json文件和 将选项标志--parameterstdasampling一起使用,则 parameters.json文件应包含除 execution_directory,然后可以从命令中省略 打电话。

采样设置的基本用法

$ sampling-setup [options] path_to_directory_to_setup
  • path_to_directory_to_setup中指示的目录应该 包含一个名为polynomial_system的文件。一般的形式 文件为文本:
list of variable names separated by commas
polynomial 1
polynomial 2
...
polynomial n

例如,如果我们从半径为1的圆进行采样:

x1,x2
x1^2 + x2^2 - 1
  • --mpiexecutable /a/path/to/mpiexec用于指示到的路径的选项 mpiexec。如果您的mpiexec可以被调用为 mpiexec
  • --bertini /a/path/to/bertini:指向^{tt11}的路径$ 如果不能调用bertini
  • --processors k:要用于的进程数 与安装程序关联的bertini求解运行
  • --hostsname1,name2,...,namek:要使用的节点的ssh名称列表 用于bertini计算。默认情况下,bertini运行将 仅在本地计算机上运行

许可证

TDASampling是根据麻省理工学院的许可证授权的。

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