计算实代数变量的稠密样本,以便与拓扑数据分析工具一起使用。
tdasampling的Python项目详细描述
t取样
版权所有(c)2019Parker Edwards
外部要求
- Bertini
- Libspatialindex(甲 python包的需求 Rtree)
- 一个mpiexec可执行文件,类似于可以从源代码编译的文件 here
说明
python包,用于从它们的 多项式系统。参见文章https://arxiv.org/abs/1802.07716 理论细节。它已经在linux上测试过了。
该软件包安装两个命令行脚本:
- tdasampling-主采样算法的入口点。
- 采样设置-用于设置采样目录的脚本 仅从系统中的多项式列表进行计算。
有关所有 不同的选择。
版本1.1.3
TDA采样的基本用法
$ tdasampling [options] bounds density number_of_functions_in_system execution_directory
- bounds是一个类似-1.0,1.0,-1.0,1.0的表单列表,它指示 多项式系统的采样区域是box[-1.0,1.0] 欧氏空间中的x[-1.0,1.0]
- execution_目录是一个至少包含以下内容的目录:
- 包含参数同伦文件的minimizer目录 贝尔蒂尼。除非你对贝尔蒂尼有经验 sampling-setup
- (recommended,not required)参数文件parameters.json。 格式见示例。如果包含parameters.json文件和 将选项标志--parameters与tdasampling一起使用,则 parameters.json文件应包含除 execution_directory,然后可以从命令中省略 打电话。
采样设置的基本用法
$ sampling-setup [options] path_to_directory_to_setup
- 在path_to_directory_to_setup中指示的目录应该 包含一个名为polynomial_system的文件。一般的形式 文件为文本:
list of variable names separated by commas polynomial 1 polynomial 2 ... polynomial n
例如,如果我们从半径为1的圆进行采样:
x1,x2 x1^2 + x2^2 - 1
- --mpiexecutable /a/path/to/mpiexec用于指示到的路径的选项 mpiexec。如果您的mpiexec可以被调用为 mpiexec
- --bertini /a/path/to/bertini:指向^{tt11}的路径$ 如果不能调用bertini
- --processors k:要用于的进程数 与安装程序关联的bertini求解运行
- --hostsname1,name2,...,namek:要使用的节点的ssh名称列表 用于bertini计算。默认情况下,bertini运行将 仅在本地计算机上运行
许可证
TDASampling是根据麻省理工学院的许可证授权的。