与应用程序一起打包以生成关于潜在药物靶点的报告
targetDB的Python项目详细描述
目标数据库
targetdb是一个快速查询多个公共可用数据库并提供有关潜在目标的可用信息的集成视图的工具。还执行了快速绑定口袋搜索（使用fpocket）。
安装
python包安装
PIP安装
pip install targetDB
python兼容性
pip install targetDB
python版本>；=3.4
首选python发行版：Anaconda 3
数据库文件安装
这个包依赖于sqlite数据库的使用来正常工作。
所需数据库
- 目标数据库
您可以下载数据库的副本HERE
This database contains all of the human genome genes that have a uniprot ID
系统兼容性
- Linux
- 窗口
- Mac（未测试）
用法
targetdb包提供了使用该工具的用户界面：targetDB
targetDB
首次使用targetDB时，系统将要求您输入有关以下内容的信息：
- targetdb sqlite数据库文件
- 保存列表输出文件的路径
- 保存详细目标输出文件的路径
- 电子邮件地址（如果没有，则用于pubmed搜索如果没有，则不运行pubmed搜索）
这些信息将存储在~/.targetdb/config.ini中
一旦创建，它将自动启动主用户界面（如下所示）
从头开始创建targetdb数据库的说明
系统兼容性
- Linux
数据库创建
所需数据库的列表是：
- Chembl V24
chembl sqlite数据库可以直接下载HERE
This mode will generate a targetDB database that can then be used in report mode
数据库创建模式的其他依赖项
爆炸
此模式使用BLAST局部执行相似性搜索和序列对齐
可以在本地找到下载和安装blast的信息HERE
fpocket
为了执行绑定口袋搜索并评估其药物性能，使用程序fpocket
Vincent Le Guilloux, Peter Schmidtke and Pierre Tuffery, "Fpocket: An open source platform for ligand pocket detection", BMC Bioinformatics, 2009, 10:168
Peter Schmidtke, Xavier Barril "Understanding and Predicting Druggability. A High-Throughput Method for Detection of Drug Binding Sites", J. Med. Chem., 2010, 53 (15), pp 5858–5867
可以找到下载和安装fpocket的说明HERE
当前版本的targetdb与fpocket3一起工作
targetdb将无法在windows上执行pocket搜索，因为fpocket在windows平台上不可用
欢迎加入QQ群-->： 979659372
