tapir 1.0

目的

tapir包含估算和绘制系统发育信息的程序 大数据集。

引用tapir

使用tapir时，请引用：

• Faircloth BC，Chang J，Alfaro ME:tapir支持高吞吐量分析 系统发育信息性。https://github.com/faircloth-lab/tapir
• Townsend JP:系统发育信息分析。系统生物学。2007年， 56:222-231。
• Pond SLK，Frost SDW，Muse SV:菌丝：使用系统发育学进行假设检验。 生物信息学2005，21:676-679。

依赖关系

• 连字符2（请download或构建一个单线程连字符2）
• Python2.6
• 努比
• scipy
• 树枝状

安装

对于all平台，必须为 平台（OSX或Linux）并将其放在$path:

wget https://github.com/downloads/faircloth-lab/tapir/hyphy2.osx.gz
gunzip hyphy2.*.gz
chmod 0700 hyphy2.*
mv hyphy2.* ~/Bin/hyphy2

要安装其他依赖项（numpy、scipy），可能需要 在Linux/OSX上安装Fortran编译器：

apt-get install gfortran libatlas-base-dev liblapack-dev

pip install tapir

apt-get install r-base r-base-dev
pip install rpy2

pip install tapir

pip install tapir

pip install rpy2

wget http://pypi.python.org/packages/source/t/tapir/tapir-1.0.tar.gz
tar -xzvf tapir-1.0.tar.gz
cd tapir*
python setup.py build
python setup.py test
python setup.py install

测试

如果您没有使用上面的python setup.py test运行测试，您还可以：

import tapir
tapir.test()

使用

expndtw-1.py代码调用批处理文件中的连字符 模板/。此文件需要与 无论你在哪里放置Estimate\u i.py。如果你像上面那样安装，你会 暂时没事吧。

运行：

cd /path/to/tapir/

python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files/ Input.tree \
    --output Output_Directory \
    --epochs=32-42,88-98,95-105,164-174 \
    --times=37,93,100,170 \
    --multiprocessing

–多处理是可选的，没有它，每个轨迹都将运行 连续地。

如果您已经运行了上述操作并将结果保存到输出中 文件夹（见下文），可以使用预先存在的网站费率记录 而不是用：

python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files/ Input.tree \
   --output Output_Directory \
   --epochs=32-42,88-98,95-105,164-174 \
   --times=37,93,100,170 \
   --multiprocessing \
   --site-rates

结果

tapir将结果写入 您选择的输出目录。此目录还保存站点速率 传递的每个轨迹的JSON格式的文件 通过tapir_compute.py。

您可以按如下方式访问数据库中的结果。更多的例子， 包括绘图，请参见 documentation

• 启动sqlite:

  sqlite3  Output_Directory/phylogenetic-informativeness.sqlite
  

• 获取所有时间段的积分数据：

  select locus, interval, pi from loci, interval where loci.id = interval.id
  

• 获取特定历元的积分数据：

  select locus, interval, pi from loci, interval
  where interval = '95-105' and loci.id = interval.id;
  

• 得到在不同时期具有max（pi）的位点数：

  create temporary table max as select id, max(pi) as max from interval group by id;
  
  create temporary table t as select interval.id, interval, max from interval, max
  where interval.pi = max.max;
  
  select interval, count(*) from t group by interval;
  

绘图结果

tapir包含打印脚本，帮助您在结果数据库中打印数据 比较不同数据库之间的数据。tapir使用rpy和r 做这个。你也可以直接在r中绘制数据，直到我们完成 文件，请参阅 wiki 举个例子。

致谢

感谢sp hubbell，pa gowaty，rt brumfield，tc glenn，ng crawford， 我是麦考马克，我是雷塞尔。JHLC和MEA感谢J伊斯曼和J布朗 关于圆周率的深思熟虑的评论。我们感谢弗朗西斯科·洛佩斯·吉拉德EZ和 Jeffrey Townsend向我们提供了他们的网络应用程序的副本 源代码和有用的讨论。