完整树的分类添加：使用与生灭模型模拟的分类将提示添加到主干系统发育中
tact的Python项目详细描述
TACT-完整树的分类添加
使用与生灭模型模拟的分类法将提示添加到主干系统发育中
安装
TACT需要Python3。我们建议使用pypy 3实现，因为它可以显著加快tact分析，特别是在大型数据集上。此外，tact取决于click、dendropy、numpy和scipy包。
自制
建议使用自制程序安装TACT。Install Homebrew on macOS或Install Homebrew on Linux or Windows 10。安装好自制程序后，请运行
brew install jonchang/biology/tact
pipx
如果您无法或不愿意使用自制程序，下一个建议（但不支持）安装TACT的方法是通过pipx。Install ^{
pipx install --spec git+https://github.com/jonchang/tact.git tact
其他
其他安装TACT的方法，包括在某处打开tarball或直接使用pip，既不支持也不推荐。
示例
使用的文件在examples文件夹中。
使用提供的csv文件构建分类树。运行tact_build_taxonomic_tree --help查看此文件所需的格式。
$ tact_build_taxonomic_tree Carangaria.csv --output Carangaria.taxonomy.tre Output written to: Carangaria.taxonomy.tre
Carangaria.taxonomy.tre现在包含了一个新的系统发育学，其中有许多多原子，命名节点表示相关的分类等级。现在运行tact随机多角形分解器算法，结合主干系统发育Caragaria.tre。
$ tact_add_taxa --backbone Carangaria.tre --taxonomy Carangaria.taxonomy.tre --output Carangaria.tacted --verbose --verbose Rates [####################################] 226/226TACT [####################################] 642/642 Carangaria
将创建几个前缀为Carangaria.tacted的文件。其中包括newick.tre和nexus.tre（您的主要输出是newick和nexus格式的系统发育）、rates.csv（主干系统发育的估计多样化率）和log.txt（关于tact正在做什么以及为什么这样做的非常详细的输出）。
您现在应该检查TACT结果，看是否有任何问题：
$ tact_check_results Carangaria.tacted.newick.tre --backbone Carangaria.tre --taxonomy Carangaria.taxonomy.tre > checkresults.csv
在您喜爱的电子表格查看器中打开checkresults.csv，并检查warnings列是否有任何问题。
引文
TACT的手稿目前正在审查中。
在随机多分辩率的领域，即PASTIS和CORSIM，TACT把它的存在归因于许多基础性的工作。Thomas，G.H.，Hartmann，K.，Jetz，W.，Joy，J.B.，Mimoto，A.，&Moores，A.O.（2013年）。pastis：一个r包，用软分类推断促进系统发育组合。生态学与进化方法，4（11），1011-1017。doi:10.1111/2041-210x.12117
Cusimano，N.，Stadler，T.，和Renner，S.S.（2012年）。一种适用于随机或非随机取样系统发育的多样性分析中缺失物种处理的新方法。系统生物学，61（5），785-792.doi:10.1093/sysbio/sys031
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