stirplate 1.4.0

安装：

• 要设置并运行自动数据上载到Stirplate，请确保 您的Stirplate用户凭据（请与keith@stirplate.io联系 获得这些）。

• python 2.7.x（未在python上测试>；=3）。

• pip install stirplate
  

• 一个stirplate可执行文件将添加到您的系统路径中。

配置访问：

配置您的Stirplate访问凭据。

1. Interactive：只需键入：

   stirplate configure
   

2. 自动：（建议）“安装”提供的配置 从下载的配置文件自动生成文件：

   stirplate configure --install /path/to/stirplate/config
   

rna序列协议：

有两种方法可以运行Stirplate的数据上传助手 rna序列（deseq2）协议：

1. 交互式只需键入：

   stirplate rna
   

   • 系统将提示您输入包含 测序数据，以及额外的元数据（aligner[tophat，star]，species，single 搁浅协议）信息。

2. 自动。只需运行：

   stirplate rna
   --aligner star
   --directory /path/to/input/sequencing/data/
   --project_name MyProjectName
   --species SPECIES
   

   • aliger选项是：tophat（默认）和star。
   • 物种选择是：C_ELEGANS（蠕虫），D_RERIO （斑马鱼），H_SAPIENS（人类），M_MUSCULUS（老鼠）， R_NORVEGICUS（老鼠）、B_TAURUS（奶牛）、C_FAMILIARIS（狗）或E_CABALLUS（马）。
   • 如果实验是用单链协议进行的， 同时传递--single_stranded_protocol标志。
   • 运行时，输入序列数据中的所有文件directory 将上载到Stirplate.io上传是为 速度，这样您的数据将在 时间。处理将在最后一个Stirplate开始 文件传输已完成

DNA序列协议：

有两种方法可以运行Stirplate的数据上传助手 rna序列（deseq2）协议：

1. 交互式。只需键入：

   stirplate dna
   

   • 系统将提示您输入包含 测序数据，以及额外的元数据（aligner[tophat，star]，species，single 搁浅协议）信息。

2. 自动。只需运行：

   stirplate dna
   --directory /path/to/input/sequencing/data/
   --interval_file /path/to/input/sequencing/data/intervals.interval_list
   --project_name MyProjectName
   --species SPECIES
   

   • 目前的物种选择是：H_SAPIENS（人类）。更多可根据要求提供。电子邮件keith@stirplate.io。
   • 运行时，输入序列数据中的所有文件directory 将上载到stirplate.io。上传是为 速度，这样您的数据将在 时间。处理将在最后一个Stirplate开始 文件传输已完成。

帮助

在任何时候，您都可以通过键入：

• stirplate -h
• stirplate rna -h
• stirplate dna -h