在虚拟化环境中构建银河系

starforge的Python项目详细描述


快速启动

对于所有类型的构建,从安装docker开始。

工具库依赖项

有两个脚本可以使用,这取决于包配方 可用:

$ ./build.sh <package>
$ python build.py <package> --version 1.0

build.sh 是较旧的格式,只需使用一个 <;package>;build.sh 文件,如Atlas。 build.py 是较新的格式,并且 在 <;package>;/<;version>;/build.yml中使用yaml元数据

Galaxy软件包的基本图像是Debian Squence。希望这样 生成可用于Galaxy目标平台的二进制文件(编写时: CentOS 6+,Debian 6.0+,ubuntu 12.04+。

$ ./build galaxy <package>
$ python build.py <package>

要针对不同的操作系统构建软件包,可以使用 –image 标志,例如:

$ ./build <dist>[:tag] <package>
$ python build.py <package> --image <dist>[:tag]
<>
$ ./build ubuntu:trusty nginx
$ python build.py nginx --image debian:squeeze

构建所有东西:

有一个单独的build all.sh,它允许您构建 使用其首选生成机制的包

有关两个生成脚本的说明

生成.py

<;version>; 选项是可选的,默认为字符串 'default' , 对于没有版本特定更改(例如 bcftools 1.0的版本与1.2相同)

蟒蛇轮

starforge可以将纯python和c扩展python模块构建到wheels中 对于Docker下的Linux和QEMU/KVM下的Mac OS X。要做到这一点,你需要 使用pip install安装starforge(最好在python virtualenv中) starforge (从 pypi 安装)或 python setup.py install 安装 从源头出发。

要使用的Docker(和QEMU)映像在starforge/config/default.yml>中指定。 若要修改此文件,请将其复制到 $xdg_config_home/galaxy starforge/config.yml $xdg_config_home 是 默认设置。示例文件 wheels/build/wheels.yml 用于 确定可以建造哪些轮子及其建造规则。使用此 文件,使用 --wheels-c配置或复制 Wheels.yml $xdg_config_home/galaxy starforge/wheels.yml

车轮可以使用StarForge车轮<;套装>; 制造,例如:

$ starforge wheel pycrypto
$ starforge wheel --no-qemu pysam   # only build on docker

有关使用StarForge命令行界面的帮助,请参见StarForge的输出

有关图像的说明

Linux

用于生成控制盘的图像上载到starforge docker hub 必要时会被拖走。通常您只使用 manylinux1轮子 manylinux1-32-wheel 图片,它们是 manylinux 基于centos 5的图像 通常会在所有银河系支持的平台上生成可用的轮子。

您还可以使用全轮来生产"特定于平台"的车轮 小精灵。如果要链接到特定于分发的系统,这将非常有用 不将非标准库捆绑到控制盘的版本。

Mac OS X

由于法律原因,不提供Mac OS X映像。咨询OSX 有关详细信息的文档。

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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