可视化剪接连接、反剪接连接(Circlerna)和来自RNA序列数据集的覆盖
SpliceV的Python项目详细描述
#拼接35;
可视化覆盖、标准和后拼接连接。
![示例绘图](https://github.com/flemingtonlab/sitepev/blob/master/master/etc/example.png)
35 35 35<
请参见https://sitepev.readthedocs.io/en/master/master/
这将从我们的手稿(doi)中生成图1b和1cpending)
## Requirements ##
SpliceV works with Python 2.7 and 3.0+.
## Dependencies ##
* Matplotlib
* Numpy
* pysam
## Installation ##
To install SpliceV:
```
pip install SpliceV
```
Or:
```
git clone https://github.com/flemingtonlab/SpliceV.git
```
## Example##
运行示例数据集:
```
git clone https://github.com/flemingtonlab/stiplev.git
cd stiplev/example
```
淋巴瘤细胞系)在测序前用核酸外切酶r治疗。rna酶r以游离端专一地消化rna,有助于丰富样品中的循环rna丰度。
这些示例命令将生成以下绘图:
![用户实例图](HTTPS):这个图显示了从外显子2到第4外显子的一个非圆的圆(后面的拼接结读取证明了这一点,它们被绘制成在轴下面的曲线)。这也可以通过外显子2-4中较高的覆盖水平来证明,这可以通过颜色的相对强度来证明)。[解释的用户示例图](https://github.com/flemingtonlab/sticedv/blob/master/etc/vta1_explained.png)
主要的循环异构体(外显子2-4;另一个不太常见的圆似乎包括外显子5)在下面被隔离:
![用户示例圈](https://github.com/flemingtonlab/sticedv/blob/master/etc/vta1戋u circ.png)
可视化覆盖、标准和后拼接连接。
![示例绘图](https://github.com/flemingtonlab/sitepev/blob/master/master/etc/example.png)
35 35 35<
请参见https://sitepev.readthedocs.io/en/master/master/
这将从我们的手稿(doi)中生成图1b和1cpending)
## Requirements ##
SpliceV works with Python 2.7 and 3.0+.
## Dependencies ##
* Matplotlib
* Numpy
* pysam
## Installation ##
To install SpliceV:
```
pip install SpliceV
```
Or:
```
git clone https://github.com/flemingtonlab/SpliceV.git
```
## Example##
运行示例数据集:
```
git clone https://github.com/flemingtonlab/stiplev.git
cd stiplev/example
```
淋巴瘤细胞系)在测序前用核酸外切酶r治疗。rna酶r以游离端专一地消化rna,有助于丰富样品中的循环rna丰度。
这些示例命令将生成以下绘图:
![用户实例图](HTTPS):这个图显示了从外显子2到第4外显子的一个非圆的圆(后面的拼接结读取证明了这一点,它们被绘制成在轴下面的曲线)。这也可以通过外显子2-4中较高的覆盖水平来证明,这可以通过颜色的相对强度来证明)。[解释的用户示例图](https://github.com/flemingtonlab/sticedv/blob/master/etc/vta1_explained.png)
主要的循环异构体(外显子2-4;另一个不太常见的圆似乎包括外显子5)在下面被隔离:
![用户示例圈](https://github.com/flemingtonlab/sticedv/blob/master/etc/vta1戋u circ.png)