带有burnes hut和cuda扩展的t-sne(带有python包装器和用于spike排序的python代码)

spikesorting-tsne的Python项目详细描述


这是conda python包的python部分的存储库,它允许通过t-sne算法运行自动尖峰排序算法的结果,从而获得尖峰的二维或三维嵌入。尽管这个包提供了一些专门用于峰值排序的功能,但它的t-sne部分是分开的,可以与样本x功能的任何矩阵一起运行。python部分(在这个repo中)具有以下功能:1。它具有调用整个算法的主要功能。main函数封装C++可执行文件(BARNESHU.HET.exe)并适当调用它。3。它使用numba gpu来创建尖峰(或任何其他样本矩阵)距离。它提供了对kilosort峰值排序算法的结果进行操作的函数,以创建t-sne运行所需的样本(峰值)x特征(模板距离)矩阵。它提供的函数允许用户分裂一个数据集的尖峰,该数据集对于算法来说太过凌乱,可以分块运行,然后重新组合(使用由KyoSoRT算法生成的信息),可以找到C++部分(生成BaNeSnHut.EXE可执行文件)^ {A1}。更详细的文档可以是在本回购协议的Github Pages中找到。

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