Python spikeinterface包_程序模块 - PyPI

Python工具箱，用于分析、可视化和比较spike排序输出

spikeinterface的Python项目详细描述

SpikeInterface：一个统一的spike排序框架

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SpikeInterface是一个Python框架，旨在将现有的spike排序技术统一到单个代码库中。在

spikeinterface是一个元包，它包装了SpikeInterface团队的其他5个Python包：

spikeextractors：数据文件I/O和探测处理。
spiketoolkit：用于预处理、后处理、验证和自动保存的工具箱。
spikesorters:Python包装器来增加排序算法。
spikecomparison：峰值排序输出的比较（有无基本真实）。
spikewidgets：数据可视化小部件。

在2020年12月10日，spikeinterface的新版本已经发布（0.11.0）。查看release notes

请查看详细描述此项目的eLife paper

安装

您可以从pip安装SpikeInterface：

pip install spikeinterface

pip安装将安装spikeinterface包的特定和固定版本。在

要使用最新更新，请从源安装spikeinterface和相关软件包：

git clone https://github.com/SpikeInterface/spikeinterface.git
cd spikeinterface
python setup.py install (or develop)

然后，您可以安装最新版本的spikeinterface软件包：

^{pr2}$

您还可以从源（例如spikeextractors）安装这五个包：

git clone https://github.com/SpikeInterface/spikeextractors.git
cd spikeextractors
python setup.py install (or develop)

文件

SpikeInterface的所有文档都可以找到here。在

您也可以查看这个1-hour video tutorial为NWB用户日2020：

引文

如果您发现SpikeInterface在您的研究中很有用，请引用：

@article{buccino2020spikeinterface,title={SpikeInterface, a unified framework for spike sorting},author={Buccino, Alessio Paolo and Hurwitz, Cole Lincoln and Garcia, Samuel and Magland, Jeremy and Siegle, Joshua H and Hurwitz, Roger and Hennig, Matthias H},journal={Elife},volume={9},pages={e61834},year={2020},publisher={eLife Sciences Publications Limited}}