质谱实用功能
spectrum-utils的Python项目详细描述
频谱利用率
python中简单的ms/ms频谱预处理和可视化。
功能
- 光谱（预）处理
- 前兆和噪声峰值消除
- 强度滤波
- 强度缩放
- 可修改片段离子注释（由Pyteomics提供支持）
- 频谱图
- 单谱带注释离子
- 匹配光谱的镜像图
- 交互式频谱图
示例
import matplotlib.pyplot as plt
from spectrum_utils import plot
from spectrum_utils import spectrum
# Initialize spectrum information first...
spec = spectrum.MsmsSpectrum(identifier, precursor_mz, precursor_charge,
mz, intensity, retention_time=retention_time,
peptide=peptide)
# Preprocess the MS/MS spectrum.
fragment_tol_mass = 10
fragment_tol_mode = 'ppm'
spec = (spec.set_mz_range(min_mz=100, max_mz=1400)
.remove_precursor_peak(fragment_tol_mass, fragment_tol_mode)
.filter_intensity(min_intensity=0.05, max_num_peaks=150)
.scale_intensity(scaling='root')
.annotate_peaks(fragment_tol_mass, fragment_tol_mode,
ion_types='aby'))
# Plot the MS/MS spectrum.
plot.spectrum(spec)
plt.show()
plt.close()
（简明示例。有关生成下图的完整代码，请参见here。）
安装
spectrum_utils可以通过pip轻松安装：
pip install spectrum_utils
或通过conda:
conda install -c bioconda spectrum_utils
依赖性
spectrum_utils具有以下依赖项：
安装spectrum_utils时，将自动安装缺少的依赖项。
API文档
您可以找到api文档here。
联系人
有关详细信息，您可以访问official code website或向wout.bittremieux@uantwerpen.be发送电子邮件。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
