smtools 0.2.2

依赖关系

• numpy
• scipy
• scikit-image
• matplotlib

安装

安装软件包的最简单方法是通过pip：

$ pip install smtools

文档

文档：https://smtools.readthedocs.io/en/latest/

用法

smtools.algnment模块设计用于将分割成单独的图像对齐 频道。它依赖于使用出现在两个通道上的荧光粒子。 执行时，以下代码将生成下面的图像输出。

importsmtools.testdataastestimportsmtools.alignmentasalimportmatplotlib.pyplotaspltdx,dy,params=al.inspect_global_fit(test.image_stack(),showplot=False)im=test.image_stack()[0]im_old=al.overlay(im)im_adj_image=al.align_by_offset(im,dx,dy)im_new=al.overlay(im_adj_image)fig=plt.figure(figsize=(12,12))ax1=fig.add_subplot(211)ax2=fig.add_subplot(212,sharex=ax1)ax1.set_title('Original Image',fontsize="18")ax2.set_title('Aligned Image',fontsize="18")ax1.imshow(im_old)ax2.imshow(im_new)plt.show()

Smtools.creates模块设计用于定位单个DNA分子 DNA帷幕。

importsmtools.curtainsascsimportsmtools.alignmentasalfromscipy.ndimage.interpolationimportrotateimportmatplotlib.pyplotaspltimportsmtools.testdataastestim=test.test_curtain()ch1,ch2=al.im_split(im)angle=cs.find_rotang(ch2)rotated_ch2=rotate(ch2,angle)bounds,mask=cs.find_curtain(rotated_ch2)strands=cs.find_DNA(rotated_ch2,bounds)DNAs=cs.fit_DNA(rotated_ch2,strands)fig=plt.figure(figsize=(5,10))plt.axis('off')plt.imshow(rotated_ch2)forx0,x1,yinDNAs:plt.plot([x0,x1],[y,y],"r.",markersize=5)plt.show()

版本历史记录

• 0.1.0 Initial release with alignment, point_fitting modules
• 0.2.0 Included curtains and misc modules

参考文献

• PyPI Page: https://pypi.org/project/smtools/
• Readthedocs: https://smtools.readthedocs.io/en/latest/