small-particle-detection 0.0.3

spade：小颗粒检测

一种主要用于检测大小不大于 荧光显微镜图像上的少量像素（颗粒）。

它是标记点过程的简化版本。

要求

spade只在python 3.5中测试过，但应该可以在旧版本中使用。 唯一严格的要求是包装numpy。 为了充分利用铁锹，我们建议安装 scikit图片包和完整的scipy生态系统。

用法

fromskimage.ioimportimread,imshowfromskimage.filtersimportthreshold_otsufromskimage.colorimportlabel2rgbfromnumpyimportpercentileimportmatplotlib.pyplotaspltfromspade.detection_2dimportspade2dfromspade.shapes.examplesimportpotatoids5x5_smallest4px# Load the example image.image=imread("example_2d.png")# Separate cell image from background, using by Otsu's thresholding method.cell=image>threshold_otsu(image)# Focus on brightest pixels onlypotential_centers=image>percentile(image[cell],99)# Detect particles.particles=spade2d(image=image,shapes_library=potatoids5x5_smallest4px,threshold=20,potential_centers=potential_centers,mask=cell)# Show detected particles as overlay on our original image.imshow(label2rgb(particles,image,bg_label=0))plt.show()

python -m spade.cli INPUT_IMAGE THRESHOLD -o /path/to/output_image.png

作者和致谢

铲是由Nicolas Cedilnik、Éric Debreuve和Xavier Descombes在MORPHEME team开发的。

如果您在科学研究中使用spade，请包括这个bibtex（或 等效）条目：

@misc{cedilnik2016spade,
  title={SPADE: Small particle detection}
  author={Cedilnik, Nicolas and Debreuve, Éric and Descombes, Xavier}
  url={https://pypi.python.org/pypi/small-particle-detection}
  year={2016}}

许可证

铁锹放在CeCILL-2.1 licence下面。