shotgun meta'omic测序数据中,一个以非常高的特异性分析感兴趣的蛋白质家族的系统
shortbred的Python项目详细描述
shortbreed是一种在shotgun meta'omic测序数据中以非常高的特异性分析感兴趣的蛋白质家族的系统。短交鉴定将感兴趣的蛋白质折叠成家族,然后根据1)彼此和2)综合蛋白质参考,筛选这些家族(用一致序列表示)。短交鉴定然后识别每个蛋白质家族的短的,有区别的肽序列(“标记物”)。这个过程对给定的一组感兴趣的蛋白质执行一次,以产生一个可重复使用的标记集(参见下面的预计算标记的例子)。短交Quantify然后根据给定的标记集筛选一个亚基因组或亚转录组,以描述相关蛋白的存在/缺失和相对丰度。在
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