志贺氏菌包装物
shigella-typing的Python项目详细描述
志贺氏菌输入
基于ags的python dev repo模板。
范围
此存储库中提供的脚本将用于在silicoid中执行，并对shigella种进行血清分型。此工具接受包含illumina短读的一对..fastq读文件作为输入。
这个工具的目的（最终）是pip可安装的，并且（可选地）为了可移植性/可重复性而从奇点容器中运行。它还应该自我文档更新和跟踪其版本…
词汇表
* Serotype: A form of classification of bacteria below the species level. Usually involves some sort of reactive between specific sera and antigens on the bacteria's wall?Shahnai2018PLOSOne_ShigellaFlexneriZ.pdf
- what about lineage, 'biotype', 'form'?
* Serogroup: A group of serovars with common antigens.
* WGS: whole-genome sequence data. Usually, DNA sequence data comprised of short reads (between 35 and 300 bp in length) coded in the FASTQ format.
背景
shigella是从一个{em1}$e.coli背景中通过获得一个侵袭质粒，然后发生基因丢失（被认为是对人类病原体的适应）而产生的。因为这个 志贺氏菌种（目前）分为三个血清群和一个血清型：
| subgroup | species | no. serotypes | fermentation of D-mannitol |
|---|---|---|---|
| A | S. dysenteriae | 15 | - |
| B | S. flexneri | 8† | + |
| C | S. boydii | 19ª | + |
| D | S. sonnei | 1 | + |
~B组血清型1-5分为11个亚型 ——虽然C组血清型的编号方案扩展到血清型20，但只有19种血清型，因为s.boydii13现在被重新分类为escherichia albertii，并已从该方案中删除
志贺氏菌
ShigaTyper is a quick and easy tool designed to determine Shigella serotype using Illumina paired end reads with low computation requirement. It has been tested on an Ubuntu 16.04.3 LTS guest addition on VMware Player version 14.1.1 in a Windows 7 and Virtual Box version 5.2.4 in a Windows 10 operating system.
引用
贝尔德、M.J.C.和F.A.G.鲁布塞特。2011年。志贺氏菌、肠侵袭性大肠杆菌和非侵袭性大肠杆菌的鉴别。欧洲临床微生物感染杂志31:899-904。
范登贝尔德，M.J.C.，A.W.Friedrich，E.van Zanten，F.A.G.Reubsaet，M.A.M.D.Kooistra Smid，J.W.A.Rossen和O.B.O.P.M.M.实验室。2016年。荷兰志贺氏菌属和肠侵袭性大肠杆菌分子和培养依赖性诊断的多中心评价。微生物方法杂志131:10-15。爱思唯尔私人有限公司
查塔威，医学硕士，D.R.Greig，A.温柔，H.B.Hartman，T.J.Dallman和C.Jenkins。2017a.福氏志贺菌全国监测的全基因组测序。前面。微生物学。8:913-6。
查塔威，医学硕士，U.Schaefer，R.Tewolde，T.J.Dallman和C.Jenkins。2017b.从全基因组序列中鉴定大肠杆菌和志贺氏菌。克林顿。微生物学。55:616–623。
Ingle，D.J.，M.Easton，M.Valcanis，T.Seemann，J.C.Kwong，N.Stephens，G.P.Carter，A.Gon_alves d a Silva，J.Adamopoulos，S.L.Baines，K.E.Holt，E.P.F.Chow，C.K.Fairley，M.Y.Chen，M.D.Kirk，B.P.Howden和D.A.Williamson。2019年。多药耐药志贺氏菌在澳大利亚男性间的共循环。临床传染病。391:801–10分。
吴，Y，H.K.Lau，T.Lee，D.K.Lau和J.Payne。2019年。基于全基因组测序的矽血清分型提高了志贺氏菌鉴定的准确性。应用环境微生物85:1291–21。美国微生物学会。
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