shabam 1.0.0

沙巴姆

绘制BAM或CRAM序列读取的python工具。在

安装

安装cairo（如果尚未安装） 已安装：

# macOS via conda, or via homebrew (choose one, then set the library path)
conda install cairo pkgconfig
brew install cairo pkg-config

安装沙巴姆：

^{pr2}$

梦想

fromshabamimportseqplotseqplot('example.bam',chrom='1',start=30243,end=30321,fastafile='reference.fasta',out='plot.svg')

绘图选项

• 使用by_strand=True对字符串进行着色读取
• 将多个序列文件与路径列表一起绘制，例如。 ['child.bam', 'mom.bam', 'dad.bam']
• 导出具有匹配文件扩展名的PDF、PNG、SVG或PS格式的绘图

命令行版本

shabam \
  --seqfiles tests/data/example.bam \
  --chrom 1\
  --start 30243\
  --end 30321\
  --fastafile tests/data/reference.fasta \
  --out plot.svg

梦想的进一步改善

• []当我们没有提供参考序列时，使用一致性序列
• []允许自定义颜色
• []计算任何站点的变体比例
• []绘图读取深度
• []在变量比例大于阈值的位置，反映比例 带底色
• []用于缩放打印基大小的选项，当前为每基10像素
• []可选阴影图深变化样式：
  • 红通道：核苷酸
  • 蓝色通道：读串
  • 绿色通道：基础质量
  • alpha:base支持ref或alt
  在
• []在高深度序列数据中展平垂直绘图
• []针对极高深度序列数据（大于1000倍）的向下采样读取

信贷

初始雪茄解析代码已从的权限中提取 pybamview。在

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