说明：使用bioconvert将NGS格式从一种格式转换为另一种格式
sequana-bioconvert的Python项目详细描述
这是来自Sequana项目的^{str1}$bioconvert管道
| Overview: | TODO |
|---|---|
| Input: | TODO |
| Output: | TODO |
| Status: | draft |
| Citation: | Cokelaer et al, (2017), ‘Sequana’: a Set of Snakemake NGS pipelines, Journal of Open Source Software, 2(16), 352, JOSS DOI doi:10.21105/joss.00352 |
安装
必须先安装Seguana：
pip install sequana
然后，只需安装以下软件包：
^{pr2}$使用
sequana_pipelines_bioconvert --help
您需要提供希望使用执行的转换类型 –command参数。您还需要说明预期的扩展类型 包括压缩（gz、bz2或dsrc识别）。最后 –input directory和–input pattern必须用于查找输入 文件：
sequana_bioconvert --input-directory . --input-ext fastq.gz --output-ext
fasta.gz --command fastq2fasta --input-pattern "*.fastq.gz"
这将创建一个包含管道和配置文件的目录。然后你需要 要执行管道：
cd bioconvert sh bioconvert.sh # for a local run
这是一条蛇形管道。symbol在中创建到输入数据的链接 存储在./output目录中的./input目录和结果。在
看到了吗生物转化.readthedocs.io有关bioconvert本身的详细信息。在
如果您熟悉snakemake，则可以检索管道本身及其 配置文件，然后使用特定参数自行执行管道：
snakemake -s bioconvert.rules -c config.yaml --cores 4 --stats stats.txt
或者使用sequanix接口。在
要求
此管道需要以下可执行文件：
- 生物转化
细节
此管道在输入的fastq文件上并行运行bioconvert（成对或不成对）。 同时还制作了一份简短的Seguana摘要报告。在
规则和配置详细信息
这是latest documented configuration file 与管道一起使用。管道中使用的每个规则在配置文件中可能有一个部分。在
变更日志
^{tb2}$- 项目
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