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Sella的Python项目详细描述
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sella是查找一阶鞍点的实用工具
示例脚本
#!/usr/bin/env python3fromase.buildimportfcc111,add_adsorbatefromase.calculators.emtimportEMTfromsellaimportSella# Set up your system as an ASE atoms objectslab=fcc111('Cu',(5,5,6),vacuum=7.5)add_adsorbate(slab,'Cu',2.0,'bridge')# Define any constraints. Here we fix all atoms in the bottom half# of the slab.fix=[atom.indexforatominslabifatom.position[2]<slab.cell[2,2]/2.]# Set up your calculatorslab.calc=EMT()# Set up a Sella Dynamics objectdyn=Sella(slab,constraints=dict(fix=fix),trajectory='test_emt.traj')dyn.run(1e-3,1000)
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文档
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支架
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致谢
这项工作得到了美国能源部、科学办公室、基础能源科学、化学科学、地球科学和生物科学司的支持，作为计算化学科学计划的一部分。
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