三维分割结果可视化的纯python模块
segview的Python项目详细描述
SegView
可视化三维分割结果
安装
- 最方便的方法是：
pip3 install segview - 您还可以将文件
segview.py包含在项目目录中
（segview只支持python 3.5+，因为它需要PyQt5）
使用SegView
segview.render_label(label,metadata,alpha=1)# see the 3D model of labelssegview.annotate_label(image,label,axis=-1)# see the 2D slice with labels along different axessegview.render_image(image,metadata)# see the 3D render of an imagesegview.render_image(image,metadata,feature)# see the 3D image with featuressegview.annotate_feature(image,label)# see 2D slice with features
label是一个3dnumpy数组- 通常是图像分割的结果，具有相同的结构
- 值
0对应于背景 - 它的形状是
(x, y, z)。
feature是一个2dnumpy数组- 通常是强度最大值定位 的结果。
- 它是三维位置，
[(x1, y1, z1), (x2, y2, z2), ...] - 它的形状是
(feature_number, 3)
metadata是一个包含体素大小的字典- 仅用于3D可视化，因为许多Z堆栈图像沿z轴 分辨率较低。
{'voxel_size_x': 1, 'voxel_size_y': 1, 'voxel_size_z': 1}
alpha调整结果的亮度
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