用边缘标签（aka）交互分割组织中细胞图像的图形程序。白色轮廓）
SeedWaterSegmenter的Python项目详细描述
安装并运行
种子水现在是纯蟒蛇。实际上，只要安装了python和setuptools，您就可以使用以下命令安装它：
easy_install SeedWaterSegmenter
需要注意的是，seedwater还依赖于一些必须单独安装的二进制/编译依赖项，最棘手的通常是mahotas。 它还依赖于标准的科学python包（如numpy、scipy、matplotlib、pil等），因此还必须安装这些包。 几乎任何获得这些信息的方法都应该有效。
简而言之，您需要使用二进制安装程序、包管理器或从源代码处编译来安装所有这些依赖项。
许多伟大的python发行版都可以同时安装python和大多数依赖项。 我现在最喜欢的是anaconda，它是免费的，可以在windows和mac上使用。
另一个重要的点是，SeedWater目前不在Python3.x上运行，因为并不是所有这些依赖项都已移植到Python3.x上。 在不久的将来，请仅使用Python2.7。
窗口：
< dl >下载32位或64位（以匹配您的Windows版本）。
双击下载的文件并安装它。 我强烈建议进行单用户（非系统范围）安装，以避免权限带来的麻烦。
现在，从"开始"菜单（也称为"窗口"按钮）中选择anaconda文件夹内的anaconda命令提示符。 在这里，运行这两个命令（您可能需要在继续之前禁用防病毒）：
conda install wxpython pip install SeedWaterSegmenter
现在，在同一个anaconda命令提示符下，您可以使用以下命令运行seedwater：
python -m SeedWaterSegmenter.SeedWaterSegmenter
使流动种子水e更重要的是，您可以使用附带的脚本安装桌面快捷方式。 从anaconda命令提示符运行这两个命令之一 （取决于您是单用户安装还是系统范围内安装）：
python C:\Users\<your username>\Anaconda\Scripts\create_sws_shortcut.py -install python C:\Anaconda\Scripts\create_sws_shortcut.py -install
就这样！
Mac OS X:
< dl >从Mac应用商店下载xcode，或从https://developer.apple.com/xcode/" rel="nofollow">https://developer.apple.com/xcode/
安装并运行它。
要获得gcc，必须安装命令行工具，一个xcode包。 您可以从：xcode menu>；preferences>；downloads访问。 检查"命令行工具"并安装。
重新启动系统以确保所有内容都已加载。
下载bash安装程序或gui安装程序。 要运行bash安装程序，请将文件下载到downloads文件夹并在终端中运行此命令：
cd ~/Downloads bash Anaconda*.sh
如果您使用"pkg"下载，只需双击即可安装。
无论哪种情况，您都可以选择系统范围内安装的单个用户。
现在，打开一个新的终端窗口，运行此命令安装wxpython:
conda install wxpython
这在mac os x雪豹上失败了，所以我不得不下载这个文件 （http://repo.continuum.io/pkgs/free/osx-64/wxpython-3.0-py27_0.tar.bz2" rel="nofollow">http://repo.continuum.io/pkgs/free/osx-64/wxpython-3.0-py27_0.tar.bz2） 转到"下载"文件夹，然后运行以下命令：
cd ~/Downloads conda install wxpython-3.0-py27_0.tar.bz2
在终端中，运行以下命令：
pip install SeedWaterSegmenter
现在可以使用以下命令运行seedwater，注意必须使用"pythonw"，而不仅仅是"python"：
pythonw -m SeedWaterSegmenter.SeedWaterSegmenter
现在，由于Sveinbjorn Thordarson的鸭嘴兽工具，可以下载打包的应用程序： https://github.com/davidmashburn/seedwatersegmenter/blob/master/macosx/seedwatersegmenterapp.zip
只需解压缩zip文件并将应用程序放在桌面或"应用程序"文件夹中即可。
请注意，这只是指向python脚本的链接，如果没有上述安装，它本身将无法工作。
（还有一个".command"文件，如果应用程序不在 https://github.com/davidmashburn/seedwatersegmenter/blob/master/macosx/seedwatersegmenter.command ）
就这样！
ubuntu/debian:
< dl >在终端中运行这两个命令：
easy_install SeedWaterSegmenter0
流动种子水： 在终端中，运行：
easy_install SeedWaterSegmenter1
（根据您的系统，"python"也可以工作）
制作桌面启动程序： 看这个开始：
https://github.com/davidmashburn/seedwatersegmenter/blob/master/desktop/seedwatersegmenter.desktop
这就是我创建符号链接的方式：
easy_install SeedWaterSegmenter2
就这样！
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