阅读becker&hickl sdt文件
sdtfile的Python项目详细描述
sdtfile是一个python库,用于读取becker&hickl生成的sdt文件 SPCM软件sdt文件包含时间相关的单光子计数 仪表参数和测量数据目前只有 支持“设置数据”、“dll数据”和“fcs数据”格式。
Becker & Hickl GmbH是 光子计数设备。
Author: | Christoph Gohlke |
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Organization: | Laboratory for Fluorescence Dynamics. University of California, Irvine |
License: | 3-clause BSD |
Version: | 2019.7.28 |
修订版
- 2019.7.28
- 修复读取压缩的多通道数据。
- 2018.9.22
- 使用str,而不是字节作为ASCII数据。
- 2018.8.29
- 将模块移到sdtfile包中。
- 2018.2.7
- 错误修复。
- 2016.3.30
- 支持修订版15文件和压缩。
- 2015.1.29
- 读取spc dll数据文件。
- 2014.9.5
- 固定读取多个测量信息记录。
注释
API还不稳定,可能会在不同的版本之间发生变化
不推荐使用Python2.7和3.4。
参考文献
- W贝克尔。BH TCSPC手册。第三版。Becker&Hickl股份有限公司2008年。 401页
- SPC_data_file_structure.h头文件Becker&Hickl的一部分 SPCM软件
示例
从spc设置和数据文件中读取图像和元数据:
>>> sdt = SdtFile('image.sdt') >>> sdt.header.revision 588 >>> sdt.info.id[1:-1] 'SPC Setup & Data File' >>> int(sdt.measure_info[0].scan_x) 128 >>> len(sdt.data) 1 >>> sdt.data[0].shape (128, 128, 256) >>> sdt.times[0].shape (256,)
从包含多个数据集的SPC设置数据文件中读取数据和元数据:
>>> sdt = SdtFile('fluorescein.sdt') >>> len(sdt.data) 4 >>> sdt.data[3].shape (1, 1024) >>> sdt.times[3].shape (1024,)
从作为numpy数组的SPC FCS数据文件中读取数据:
>>> sdt = SdtFile('fcs.sdt') >>> sdt.info.id[1:-1] 'SPC FCS Data File' >>> len(sdt.data) 1 >>> sdt.data[0].shape (512, 512, 256) >>> sdt.times[0].shape (256,)