阅读becker&hickl sdt文件

sdtfile的Python项目详细描述


sdtfile是一个python库,用于读取becker&hickl生成的sdt文件 SPCM软件sdt文件包含时间相关的单光子计数 仪表参数和测量数据目前只有 支持“设置数据”、“dll数据”和“fcs数据”格式。

Becker & Hickl GmbH是 光子计数设备。

Author:Christoph Gohlke
Organization:Laboratory for Fluorescence Dynamics. University of California, Irvine
License:3-clause BSD
Version:2019.7.28

修订版

2019.7.28
修复读取压缩的多通道数据。
2018.9.22
使用str,而不是字节作为ASCII数据。
2018.8.29
将模块移到sdtfile包中。
2018.2.7
错误修复。
2016.3.30
支持修订版15文件和压缩。
2015.1.29
读取spc dll数据文件。
2014.9.5
固定读取多个测量信息记录。

注释

API还不稳定,可能会在不同的版本之间发生变化

不推荐使用Python2.7和3.4。

参考文献

  1. W贝克尔。BH TCSPC手册。第三版。Becker&Hickl股份有限公司2008年。 401页
  2. SPC_data_file_structure.h头文件Becker&Hickl的一部分 SPCM软件

示例

从spc设置和数据文件中读取图像和元数据:

>>> sdt = SdtFile('image.sdt')
>>> sdt.header.revision
588
>>> sdt.info.id[1:-1]
'SPC Setup & Data File'
>>> int(sdt.measure_info[0].scan_x)
128
>>> len(sdt.data)
1
>>> sdt.data[0].shape
(128, 128, 256)
>>> sdt.times[0].shape
(256,)

从包含多个数据集的SPC设置数据文件中读取数据和元数据:

>>> sdt = SdtFile('fluorescein.sdt')
>>> len(sdt.data)
4
>>> sdt.data[3].shape
(1, 1024)
>>> sdt.times[3].shape
(1024,)

从作为numpy数组的SPC FCS数据文件中读取数据:

>>> sdt = SdtFile('fcs.sdt')
>>> sdt.info.id[1:-1]
'SPC FCS Data File'
>>> len(sdt.data)
1
>>> sdt.data[0].shape
(512, 512, 256)
>>> sdt.times[0].shape
(256,)

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