python绑定到rappie basecaller
scrappie的Python项目详细描述
Crappy为 原始调用方好斗的表现应该是可比的 （如果本质上不完全相同的话）对刮痧。
安装
在PYPI上可以买到刮痧。对于linux，它可以作为预编译的 wheel，对于macos，发行版将从源代码构建。好斗可以是 简单地安装为：
pip install scrappie
注意拼写！由于各种编译器和 可能存在的库版本在这种情况下，请报告一个问题 在Github上。
如果符合 建造报废汽车的要求。建议先 在尝试构建它是python之前，确保bragie构建干净 对方。要从源代码生成，请运行：
pip install -r requirements python setup.py install
第二个命令可以根据需要修改（可能通过添加–user 对于非根安装）。
API
Bragiy直接暴露了Bragie的“来自原始”基调的关键部分 管道。步骤如下：
- scrappy.trim_raw: attempt to remove data points corresponding to adapters,
- scrappy.scale_raw: perform a robust normalization of the data,
- scrappy.calc_post: calculate time-resolved label probabilties (“posterior probabilities”),
- scrappy.decode_post: a Viterbi decoding to obtain optimal base sequence.
上面在brappy.basecall_raw中说明。
此外，蠕动模拟和对齐功能通过以下方式公开：
- scrappy.sequence_to_squiggle: simulate a squiggle from a base sequence,
- scrappy.map_signal_to_squiggle: align raw data to a simulated sequence.
演示
安装后，可以运行废弃的程序来演示 功能该程序采用一个或多个文件路径来.fast5文件和输出 对stdout的fasta格式化基本调用，例如：
scrappy file1.fast5 <file2.fast5> <file3.fast5> …
为了达到最佳性能，建议禁用 blas库中的线程（在构建应用程序时也是如此 使用API）
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