python的科学工具
sciris的Python项目详细描述
欢迎来到Sciris
什么是希里斯?
很高兴你这么问!sciris是一个灵活的开源框架,用于使用python和javascript构建科学web应用程序。它分为两部分:sciris
是一个工具集合,可以使科学python编码成为一种更愉快的体验;而scirisweb
是一个工具集合,可以让您轻松构建python webapps。sciris构建在numpy和matplotlib上,而sciris web构建在vue.js、flask、twisted、redis和mpld3
sciris的一些亮点:
odict
--类似于ordereddict,但允许按位置引用,如列表,以及许多强大的方法(如转换为数组、排序和枚举函数等)promotetoarray
--标准化numpy数组的任何类型的数字输入,因此,例如1
,[1]
,(1,)
等都转换为数组([1])
checktype
--快速确定输入的类型,例如checktype([1,2,3],'arraylike',subtype='number')返回true
findnearest
--查找最接近输入值的数组元素loadobj
,saveobj
--保存/加载任意python对象的灵活方法矢量颜色
--将给定矢量映射为一组颜色网格颜色
--从颜色空间的最远部分(例如,对于具有大量线条的绘图)选择一组颜色smoothinterp
--带平滑的线性插值asd
--自适应随机下降,一种尽可能少函数求值的函数优化算法
scirisweb的一些亮点:
scirisapp
--一个功能齐全的服务器,可以简单地创建为app=scirisapp(config)
并使用app.run()运行
rpc
--一个用于定义前端和后端之间链接的简单函数数据存储
--基于redis的用户和数据管理
希里斯准备好了吗?
有点。sciris可以使用,但仍在快速发展中。我们预计第一个稳定版本的sciris将在2019年初准备就绪。如果您希望我们在准备好后通知您,请发送电子邮件至info@sciris.org
安装和运行说明
快速入门指南
注意:如果您是开发人员,您可能已经安装了部分/所有这些软件包。
安装nodejs(javascript管理器)
安装redis(数据库)
安装anaconda python(模拟引擎)
完成所有这些之后,要进行安装,只需在根文件夹中运行
python setup.py develop
,或者运行python setup.py develop minimal
,跳过安装可选依赖项(例如,电子表格读写)。这应该将sciris安装为可导入的python模块。如果您也需要sciris web,请运行python setup-web.py develop
< > >安装git:
sudo apt install git
- < >暂停nodejs:
sudo apt install nodejs
安装redis:https://redis.io/topics/quickstart" rel="nofollow">https://redis.io/topics/quickstart
(可选)安装anaconda python(sciris与python 2和python 3兼容),并确保它是默认python,例如
< > >克隆sciris存储库:
git clone http://github.com/sciris/sciris.git
和git clone http://github.com/sciris/scirisweb.git
在两个sciris文件夹中的每个文件夹中运行python setup.py develop
要进行测试,请打开一个新的python窗口并键入
import sciris
和import scirisweb
。您应该看到如下内容: < > >安装git。这可以通过安装xcode命令行工具来完成。
xcode-select --install
安装nodejs。访问https://nodejs.org/en/download/" rel="nofollow">https://nodejs.org/en/download/下载Mac版本并安装。
安装redis:https://redis.io/topics/quickstart" rel="nofollow">https://redis.io/topics/quickstart或运行(安装了Summing Brew)
brew install redis
安装anaconda python并确保它是默认的python,例如
< > >创建一个存放scris的目录。为了便于参考,我们将创建并将该目录称为
pyenv
将sciris存储库克隆到
pyenv
:git克隆http://github.com/sciris/sciris.git
在您选择的目录中创建一个python虚拟环境(venv)。这W我将成为sciris文件夹的父文件夹。
`virtualenv venv`
关于python虚拟环境的更多信息可以在这里找到。 项目结构如下;
-pyenv -venv -sciris
进入虚拟环境。在
pyenv
文件夹中,要激活虚拟环境,请键入:./venv/bin/activate
切换到sciris根文件夹并键入:
< > >
要进行测试,请打开一个新的python窗口并键入import sciris
(和/或import scirisweb
)
如果您有问题,请参阅本指南的其他部分以了解更多信息。
在Linux上安装
安装sciris的最简单方法是使用pip:pip install scirisweb
(它也会自动安装sciris)。如果要从源安装,请执行以下步骤:
your_computer:~> python
Python 2.7.12 |Anaconda 2.1.0 (64-bit)| (default, Jul 2 2016, 17:42:40)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
>>> import sciris
>>> import scirisweb
Sciris Web 0.12.0 (2018-11-24) -- (c) Sciris
>>>
在Windows上安装
包和库依赖项
确保您的计算机上安装了npm
(包含在node.js安装中)和git
。
首先,安装anaconda python。在python设置中,还需要有以下软件包(括号中的说明显示了如何在已经安装了anaconda python环境的情况下安装)。注意,当您键入python setup.py develope
和python setup-web.py develope
时,这些都应该自动安装
数据库依赖项
如果使用redis作为数据存储模式,则需要安装redis
在您的计算机上(作为服务)。redis不直接支持windows,
但是github上有一个microsoftarchive页面
您可以在Windows计算机上查找安装说明。
(例如,它可以安装在本网站
,正在下载.msi文件)。它
最终被安装为一个服务,您可以通过
Windows任务管理器并转到"服务"选项卡。确保redis
服务处于运行状态。
很可能,redis可执行文件的目录将安装在
c:\程序文件\redis
。在该目录中,可以双击图标
对于redis cli.exe
启动redis数据库命令行界面
默认的redis数据库(0)。您可以使用键*
查看
将键/值对存储在数据库中,然后退出界面。
很有可能,您将希望使用非默认值(即n
不是0)
数据库。要调查数据库2中的键,
当您在redis cli中时,可以键入
选择2
切换到
数据库。
在Mac上安装
警告,正在工作!
your_computer:~> python
Python 2.7.12 |Anaconda 2.1.0 (64-bit)| (default, Jul 2 2016, 17:42:40)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
python setup.py开发 python setup-web.py开发
your_computer:~> python
Python 2.7.12 |Anaconda 2.1.0 (64-bit)| (default, Jul 2 2016, 17:42:40)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
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