python的科学工具

sciris的Python项目详细描述


欢迎来到Sciris

什么是希里斯?

很高兴你这么问!sciris是一个灵活的开源框架,用于使用python和javascript构建科学web应用程序。它分为两部分:sciris是一个工具集合,可以使科学python编码成为一种更愉快的体验;而scirisweb是一个工具集合,可以让您轻松构建python webapps。sciris构建在numpy和matplotlib上,而sciris web构建在vue.js、flask、twisted、redis和mpld3

sciris的一些亮点:

  • odict--类似于ordereddict,但允许按位置引用,如列表,以及许多强大的方法(如转换为数组、排序和枚举函数等)
  • promotetoarray--标准化numpy数组的任何类型的数字输入,因此,例如1[1](1,)等都转换为数组([1])
  • checktype--快速确定输入的类型,例如checktype([1,2,3],'arraylike',subtype='number')返回true
  • findnearest--查找最接近输入值的数组元素
  • loadobjsaveobj--保存/加载任意python对象的灵活方法
  • 矢量颜色--将给定矢量映射为一组颜色
  • 网格颜色--从颜色空间的最远部分(例如,对于具有大量线条的绘图)选择一组颜色
  • smoothinterp--带平滑的线性插值
  • asd--自适应随机下降,一种尽可能少函数求值的函数优化算法

scirisweb的一些亮点:

  • scirisapp--一个功能齐全的服务器,可以简单地创建为app=scirisapp(config)并使用app.run()运行
  • rpc--一个用于定义前端和后端之间链接的简单函数
  • 数据存储--基于redis的用户和数据管理

希里斯准备好了吗?

有点。sciris可以使用,但仍在快速发展中。我们预计第一个稳定版本的sciris将在2019年初准备就绪。如果您希望我们在准备好后通知您,请发送电子邮件至info@sciris.org

安装和运行说明

快速入门指南

注意:如果您是开发人员,您可能已经安装了部分/所有这些软件包。

  1. 安装nodejs(javascript管理器)

  2. 安装redis(数据库)

  3. 安装anaconda python(模拟引擎)

  4. 完成所有这些之后,要进行安装,只需在根文件夹中运行python setup.py develop,或者运行python setup.py develop minimal,跳过安装可选依赖项(例如,电子表格读写)。这应该将sciris安装为可导入的python模块。如果您也需要sciris web,请运行python setup-web.py develop

  5. < > >

    要进行测试,请打开一个新的python窗口并键入import sciris(和/或import scirisweb

    如果您有问题,请参阅本指南的其他部分以了解更多信息。

    在Linux上安装

    安装sciris的最简单方法是使用pip:pip install scirisweb(它也会自动安装sciris)。如果要从源安装,请执行以下步骤:

    1. 安装git:sudo apt install git

    2. < >暂停nodejs:sudo apt install nodejs

    3. 安装redis:https://redis.io/topics/quickstart" rel="nofollow">https://redis.io/topics/quickstart

    4. (可选)安装anaconda python(sciris与python 2和python 3兼容),并确保它是默认python,例如

    5. < > >
      your_computer:~> python
      Python 2.7.12 |Anaconda 2.1.0 (64-bit)| (default, Jul  2 2016, 17:42:40)
      [GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux2
      Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
      Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
      Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
      
      1. 克隆sciris存储库:git clone http://github.com/sciris/sciris.gitgit clone http://github.com/sciris/scirisweb.git

      2. 在两个sciris文件夹中的每个文件夹中运行python setup.py develop

      3. 要进行测试,请打开一个新的python窗口并键入import scirisimport scirisweb。您应该看到如下内容:

      4. < > >
        >>> import sciris
        >>> import scirisweb
        Sciris Web 0.12.0 (2018-11-24) -- (c) Sciris
        >>>
        

        在Windows上安装

        包和库依赖项

        确保您的计算机上安装了npm(包含在node.js安装中)和git
        首先,安装anaconda python。在python设置中,还需要有以下软件包(括号中的说明显示了如何在已经安装了anaconda python环境的情况下安装)。注意,当您键入python setup.py developepython setup-web.py develope时,这些都应该自动安装

        数据库依赖项

        如果使用redis作为数据存储模式,则需要安装redis 在您的计算机上(作为服务)。redis不直接支持windows, 但是github上有一个microsoftarchive页面 您可以在Windows计算机上查找安装说明。 (例如,它可以安装在本网站 ,正在下载.msi文件)。它 最终被安装为一个服务,您可以通过 Windows任务管理器并转到"服务"选项卡。确保redis 服务处于运行状态。

        很可能,redis可执行文件的目录将安装在 c:\程序文件\redis。在该目录中,可以双击图标 对于redis cli.exe启动redis数据库命令行界面 默认的redis数据库(0)。您可以使用键*查看 将键/值对存储在数据库中,然后退出界面。
        很有可能,您将希望使用非默认值(即n不是0) 数据库。要调查数据库2中的键, 当您在redis cli中时,可以键入选择2切换到 数据库。

        在Mac上安装

        警告,正在工作!

        1. 安装git。这可以通过安装xcode命令行工具来完成。

               xcode-select --install
          
        2. 安装nodejs。访问https://nodejs.org/en/download/" rel="nofollow">https://nodejs.org/en/download/下载Mac版本并安装。

        3. 安装redis:https://redis.io/topics/quickstart" rel="nofollow">https://redis.io/topics/quickstart或运行(安装了Summing Brew)

               brew install redis
          
        4. 安装anaconda python并确保它是默认的python,例如

        5. < > >
          your_computer:~> python
          Python 2.7.12 |Anaconda 2.1.0 (64-bit)| (default, Jul  2 2016, 17:42:40)
          [GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux2
          Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
          Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
          Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
          
          1. 创建一个存放scris的目录。为了便于参考,我们将创建并将该目录称为pyenv

          2. 将sciris存储库克隆到pyenvgit克隆http://github.com/sciris/sciris.git

          3. 在您选择的目录中创建一个python虚拟环境(venv)。这W我将成为sciris文件夹的父文件夹。

             `virtualenv venv`
            

            关于python虚拟环境的更多信息可以在这里找到。 项目结构如下;

                     -pyenv
                         -venv
                         -sciris
            
          4. 进入虚拟环境。在pyenv文件夹中,要激活虚拟环境,请键入:

             ./venv/bin/activate
            
          5. 切换到sciris根文件夹并键入:

          6. < > >

            python setup.py开发 python setup-web.py开发

            your_computer:~> python
            Python 2.7.12 |Anaconda 2.1.0 (64-bit)| (default, Jul  2 2016, 17:42:40)
            [GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux2
            Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
            Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
            Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
            
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