用于科学应用的简单工作流平台,最初是在电子显微镜图像处理的Scipion框架内开发的。
scipion-pyworkflow的Python项目详细描述
pyworkflow
pyworkflow是一个用于科学应用的简单工作流平台。它已经初步开发出来了 在电子显微镜图像处理的Scipion框架内。在
pyworkflow允许您通过定义以下一组类来定义工作域:
- Objects: input/outputs that will be generated by different programs
- Protocols: special type of Objects that have defined input parameters and will produce some output
- Viewers: Entities that provide graphical analysis of results.
- Wizards: Small GUIs that can be develop to help users to select given parameter values.
开发
我们现在正朝着Python3迈进!在
为了开发目的安装pyworkflow,可以执行以下操作:
# Create a clean virtual environment python -m venv ~/myenv source ~/myenv/bin/activate git clone git@github.com:scipion-em/scipion-pyworkflow.git cd scipion-pyworkflow python -m pip install -e . # Install in the environment as development
运行测试
首先确保pyworkflow作为Python模块在 当前Python环境。在开发过程中,我倾向于设置PYTHONPATH:
^{pr2}$安装
使用python虚拟环境时,您可能需要: #对于ubuntu中的virtual env: #sudo apt get安装python3 dev #sudo apt get安装python3 tk
- 项目
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