scipion-em-cryodrgn 3.0.2

安装

您需要使用Scipion的3.0版本才能运行这些协议。要安装插件，有两个选项：

1. 稳定版本

scipion installp -p scipion-em-cryodrgn

1. 开发人员版本

   • 下载存储库

   git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-cryodrgn.git
   

   • 安装

   scipion installp -p path_to_scipion-em-cryodrgn --devel
   

   在

cryoDRGN软件将随插件自动安装，但您也可以通过提供cryoDRGN_ENV_ACTIVATION使用现有安装（请参见下文）。在

Important:您需要预装conda（miniconda3或anaconda3）才能使用此程序。在

配置变量

{condeecmd>如果未定义的话，它将依赖于命令的激活 路径（不推荐），这可能导致混合scipion的执行问题 Python和康达。下面可以看到一个例子，但是 根据您的conda版本和shell，您需要一些不同的东西： CONDA_ACTIVATION_CMD=eval“$（/extra/miniconda3/bin/CONDA外壳.bash钩子）“

CRYODRGN_ENV_ACTIVATION（默认值=conda activate CRYODRGN-0.3.0b）： 命令激活低温环境。在

正在验证

要检查安装，只需运行以下Scipion测试：

scipion test cryodrgn.tests.test_protocols_cryodrgn.TestCryoDrgn

支持的版本

0.2.1b，0.3.0b

协议

• 预处理
• 培训

参考文献

1. CryoDRGN：用神经网络从低温电子显微照片重建异质结构。钟爱伦，崔斯坦贝勒，邦妮伯杰，约瑟夫H戴维斯。2020年，https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.27.003871v1
2. 从冷冻电镜图像重建蛋白质三维结构的连续分布。钟爱伦，崔斯坦贝勒，约瑟夫H戴维斯，邦妮伯杰。ICLR 2020，https://arxiv.org/abs/1909.05215