scibiomart 1.0.2

科学生物材料

这只是BioMart的API的一个简单包装，但是我发现现有的包还不够 对于我想要做的事情，即cli接口和python接口与tsvapi。在

在这里你可以简单地得到所有基因的列表，并执行其他生物标记功能，比如人类和 老鼠。在

看看docs，它更详细地解释了事情。在

安装

pip install scibiomart

使用

最简单的用法是使用API，它将获得最新的鼠标和人类，并将基因ID映射到基因名称。在

示例

^{pr2}$

扩展的示例

如果您对简单API感兴趣，请参阅所有示例的测试，不过，您可以列出数据集 等，并查询其他属性。在

印刷市场

sb = SciBiomart()
marts = sb.list_marts()
print('\n'.join(marts))

打印数据集

sb = SciBiomart()
sb.set_mart('ENSEMBL_MART_ENSEMBL')
err = sb.list_datasets()

列出属性

sb = SciBiomart()  
sb.set_mart('ENSEMBL_MART_ENSEMBL')
sb.set_dataset('fcatus_gene_ensembl')
err = sb.list_attributes()

列出配置

sb = SciBiomart()
sb.set_mart('ENSEMBL_MART_ENSEMBL')
sb.set_dataset('fcatus_gene_ensembl')
err = sb.list_configs()

列出筛选器

sb = SciBiomart()
sb.set_mart('ENSEMBL_MART_ENSEMBL')
sb.set_dataset('fcatus_gene_ensembl')
err = sb.list_filters()

运行通用查询

这里我们展示了两个基因的通用查询（以逗号分隔的列表）和我们感兴趣的属性 “ensembl_gene_id”、“hgnc”符号、“uniprotswissprot”。在

运行查询：def run_query(self, filter_dict: dict, attr_list: list): i、 你可以给它一个过滤字典和一个属性列表。这将使它更快，你也可以运行它和它 将获得所有基因（即，如果filter_dict为空）。在

sb = SciBiomart()
sb.set_mart('ENSEMBL_MART_ENSEMBL')
sb.set_dataset('hsapiens_gene_ensembl')
results = sb.run_query({'ensembl_gene_id': 'ENSG00000139618,ENSG00000091483'},
                       ['ensembl_gene_id', 'hgnc_symbol', 'uniprotswissprot'])
print(results)

将鼠与人匹配

获取人类基因的小鼠同源基因

sb = SciBiomart()
sb.set_mart('ENSEMBL_MART_ENSEMBL')
sb.set_dataset('hsapiens_gene_ensembl')
attributes = ['ensembl_gene_id', 'mmusculus_homolog_ensembl_gene', 'mmusculus_homolog_perc_id_r1']
results = sb.run_query({'ensembl_gene_id': 'ENSG00000139618,ENSG00000091483'},  attributes)
print(results)

有关更多信息，请参阅文档

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