sbmlsim是模拟SBML的工具。

sbmlsim的Python项目详细描述


sbmlsim:SBML模拟变得容易

GitHub Actions CI/CD StatusCurrent PyPI VersionSupported Python VersionsGNU Lesser General Public License 3CodecovDocumentation StatusZenodo DOIBlack

sbmlsim是python实用程序的集合,用于模拟以简化模拟 SBML模型在 roadrunner。源代码可从 https://github.com/matthiaskoenig/sbmlsim。在

功能包括

  • 模拟实验
  • 模拟报告
  • 参数拟合

文档可在https://sbmlsim.readthedocs.io上找到。 如果您有任何问题或问题,请open an issue。在

如何引证

Zenodo DOI

许可证

sbmlsim源代码在GPL和LGPL许可证版本2或 以后再说。您可以选择使用该软件的许可证。在

这个程序是自由软件:你可以重新发布和/或修改它 GNU通用公共许可证或GNU通用公共许可证的条款 由自由软件基金会发布的许可证 许可证,或(由您选择)任何更高版本。在

但在这个程序中,它是有用的吗 保证;甚至连适销性或适用性的默示保证都没有 特殊目的。有关更多详细信息,请参阅GNU通用公共许可证。在

资金

Matthias König得到了联邦教育和研究部(BMBF,德国)的支持 在肝脏医学研究网络系统中(LiSyM,批准号031L0054)。在

安装

sbmlsim可从pypi和 可通过以下方式安装:

pip install sbmlsim

要求

可通过linux安装HDF5支持:

^{pr2}$

开发版本

最新开发版本可通过以下方式安装:

pip install git+https://github.com/matthiaskoenig/sbmlsim.git@develop

或者通过克隆存储库并通过以下方式安装:

git clone https://github.com/matthiaskoenig/sbmlsim.git
cd sbmlsim
pip install -e .

安装以供开发使用:

pip install -e .[development]

©2019-2020 Matthias König版权所有

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