saavpedia python库
saavpedia的Python项目详细描述
#欢迎使用SaavMedia
##什么是SaavMedia ####saavpedia是一个识别、功能注释、从蛋白质组和基因组数据中检索单个氨基酸变体的平台。 -saavmedia提供了三个用户界面，由
- Web User Interface (WUI)
- Web Application Programming Interface (API)
- Python package.
- 对于具有python编程技能的用户。 -此存储库提供saavpedia python包的源代码。
- 对于没有编程知识的用户 -使用saavedia的wui-<；https://www.SAAVpedia.org>；
##入门
###[Unix/Linux]
####saavpedia的初始python设置。
如果尚未安装saavpedia python，请在命令提示符下安装： 要安装saavpedia python包，<；br/>； 在python library文件夹上，必须具有管理员权限或写入权限。
-
第一步-通过pypi安装saavpedia python包。
- $pip安装saavpedia 收集SaavMedia 正在下载https://files.pythonhosted.org/packages/… 安装收集的包：saavpedia 已成功安装saavpedia-x.x.x
- 第二步-通过pypi升级saavpedia python包。
- $pip安装–升级saavpedia
- 在本地计算机中下载saavpedia db。
- $Python Python 2.7.12（默认值，2017年12月4日，14:50:18） [GCC 5.4.0 20160609]关于Linux2 键入“帮助”、“版权”、“信用”或“许可证”以获取详细信息。 >>>>从SaaVPedia导入SaaVPedia >>>>saavmedia（）.init（） … 正在下载saavedia.sqlite.935.db-91.23% 正在下载saavedia.sqlite.936.db-91.33% 正在下载saavedia.sqlite.937.db-91.42% … 正在生成SaaVPedia数据库…-99.90% 正在生成SaaVPedia数据库…-100.00% 正在删除临时文件… SaaVPedia初始化已完成。 >；gt；gt；退出（）
- 在当前工作目录中安装saavpedia脚本。
$Python Python 2.7.12（默认值，2017年12月4日，14:50:18） [GCC 5.4.0 20160609]关于Linux2 键入“帮助”、“版权”、“信用”或“许可证”以获取详细信息。 >>>>从SaaVPedia导入SaaVPedia >>>>saavmedia（）.install（） 正在复制saavinterpreter.py… 正在复制snvretriever.py… 正在复制saavretriever online.py… 正在复制saavidentifier.py… 正在联机复制saavinterpreter.py… 正在复制saavretriever.py… 正在复制snvretriever online.py… 正在复制saavidentifier online.py…
>>> quit()
#####saavpedia命令脚本列表 在python中安装saavpedia之后，您可以看到几个saavpedia命令脚本。
$ ls -l -rw-r–r– 1 user user 2333 May 10 09:10 SAAVidentifier-Online.py -rw-r–r– 1 user user 2299 May 10 09:10 SAAVidentifier.py -rw-r–r– 1 user user 6556 May 10 09:10 SAAVinterpreter-Online.py -rw-r–r– 1 user user 6522 May 10 09:10 SAAVinterpreter.py -rw-r–r– 1 user user 2328 May 10 09:10 SAAVretriever-Online.py -rw-r–r– 1 user user 2294 May 10 09:10 SAAVretriever.py -rw-r–r– 1 user user 2326 May 10 09:10 SNVretriever-Online.py -rw-r–r– 1 user user 2292 May 10 09:10 SNVretriever.py
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使用Saavidentifier的胶质瘤数据示例
- $python saavidentifier.py–输入胶质瘤.input.txt 正在读取输入文件… 正在获取输出数据… 预计取数时间：0.187811s 正在写入“saavidentifier-2018-05-10-09h-13m-52.362122s.scf”文件… 预计总时间：0.230s
- 通过在线使用Saavidentifier的胶质瘤数据示例。
- $python saavidentifier-online.py–输入glog瘤.input.txt 正在读取输入文件… 正在获取输出数据… 预计取数时间：1.844199s 正在写入“saavidentifier-2018-05-10-09h-15m-17.405145s.scf”文件… 预计总时间：1.883s
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