与clarity lims交互的通用库
s4-clarit的Python项目详细描述
- 在世界各地的许多实验室中使用，s4 clarity库提供了与basespace clarity lims api的易于使用的集成。套餐包括：
- 类，表示提供对大多数属性的读写访问的熟悉的clearity api实体。
- 简化常用操作的助手方法。
- 与clearity集成的脚本的基类：epps、dsa和shell脚本。
- 有助于明确相关任务的实用程序，如管理配置切片或自动完成步骤。
s4 clarity库允许开发人员用更少的代码行与clarity api交互。由于http和xml样板文件已经过时，您将很快构建集成。
froms4.clarity.scriptsimportTriggeredStepEPPLibraryVolume=2.0MolWeightBasePair=660*1e6# micrograms / molAssumedBasePairs=400.0TargetMolarity=4.0Overage=4classNormalization(TriggeredStepEPP):defon_record_details_enter(self):self.prefetch(self.PREFETCH_INPUTS,self.PREFETCH_OUTPUTS)foriomapinself.step.details.iomaps:library_concentration=iomap.input["Concentration"]library_molarity=library_concentration/(AssumedBasePairs*MolWeightBasePair)iomap.output["Concentration"]=library_concentrationiomap.output["Molarity (nM)"]=library_molarityiomap.output["Library Vol (uL)"]=LibraryVolumeiomap.output["Tris HCl (uL)"]=LibraryVolume*(library_molarity/TargetMolarity-1)self.lims.artifacts.batch_update(self.step.details.outputs)self.step.details.commit()if__name__=="__main__":Normalization.main()
文档
要构建文档，请从docs目录运行make html。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
