一个易于使用的支持分布式计算的hi-c处理软件
runHiC的Python项目详细描述
runhic是用于hi-c数据处理的一个易于使用的命令行工具。
从0.8.1版开始，runhic可以直接用于Arima HiC数据 通过将酶名设置为arima。
自0.8.0版以来，runhic已将其默认数据容器/格式从hdf5更改为 Pairs和 Cooler，符合4DN标准。 （见Release Notes）
设计概念
runhic被设计用来处理hi-c数据，从原始的序列读取（.sra，.fastq，.fastq.gz）到正确的 接触矩阵。它当前包含5个子命令：
| mapping | Map raw pair-end sequencing data to a supplied genome. Support bwa and minimap2. |
| filtering | Perform read-level and fragment-level noise removing |
| binning | 1.Generate contact matirx; 2. Perform ICE |
| pileup | Perform entire processing from mapping to binning |
| quality | Assess the quality of your Hi-C data |
链接
用法
打开终端，键入runHiC -h和runHiC <subcommand> -h获取帮助信息。
引文
王晓涛。（2016年）。runhic：一个基于hiclib的用户友好的hi-c数据处理软件。泽诺多。 10.5281/zenodo.55324
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