反应规则分析器
rrparser的Python项目详细描述
RR解析器
反应规则分析器。如果没有提供输入反应文件，则从RetroRules检索反应规则。在
输入
- rules file：（string）反应规则的文件名
- input format：（string）有效选项：csv、tsv。输入文件的格式
- rule type：（string）有效选项：retro、forward、all。返回反向、正向或双向的规则
- outdir：（字符串）将写入输出文件的路径
- diameters：（整数列表）有效选项：2、4、6、8、10、12、14、16。返回规则的直径
- output format：（string）有效选项：csv，焦油gz. 返回文件的格式
输出
- output：（string）：输出文件的路径。或者是压缩的焦油gz（包含csv）或以RetroPath2.0友好格式列出的反应规则
安装
从pip
[sudo] python -m pip install rrparser
来自Conda
^{pr2}$使用
从Python代码调用函数
fromrrparserimportParseroutfile=Parser().parse_rules(rule_type,outdir,diameters)
如果必须解析来自CLI的参数，则函数build_args_parser可用：
fromrrparserimportbuild_args_parserparser=buildparser()params=parser.parse_args()
从CLI运行
python -m rrparser.main \[--rules-file <filename>]\[--input-format {csv,tsv}]\[--rule-type {all,retro,forward}]\ --output <folder> \[--diameters {2,4,6,8,10,12,14,16}]\ --output-format {csv,tar.gz}
作者
- Thomas Duigou
- 梅尔基奥尔杜拉克
- 琼·赫瑞森
许可证
这个项目是在MIT许可下授权的-请参阅LICENSE文件了解详细信息
如何引用规则？
请引用：
Duigou，Thomas，et al.“追溯规则：工程生物学反应规则的数据库”，《核酸研究》47.D1（2019）：D1229-D1235。在
- 项目
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