“路径完成”
rpcompletion的Python项目详细描述
完成
用适当的辅因子完成RetroPath2.0输出的单组分反应。当多个反应规则与单个反应关联时，创建子路径。输入是RP2Paths生成的单个路径文件。它位于存储预计算数据的rpCache上。在
输入
要求：
- rp2\u pathways：（字符串）RetroPath2.0 pathways文件的路径
- rp2paths_compounds：rp2paths compounds文件的（字符串）路径
- rp2paths_paths：（字符串）rp2paths paths文件的路径
- outdir：（string）写入结果文件的文件夹的路径
高级选项：
- -通量上限：（整数，默认值=9999）通量上限值
- -通量下限：（整数，默认值=0）通量下限值
- -maxSubPaths_filter：（整数，默认值=10）每个路径的子路径数
- -pathway_id：（字符串，默认值=rp_pathway）异源路径的id
- -compartment_id：（字符串，默认值=MNXC3（即细胞质））异源通路隔间id
- -species_group_id：（string，default=central_species）异源反应中中心物种的id，即非辅因子
- --存储模式，-sm：（可选，字符串，默认值：文件）存储模式。如果是'file'，rpCache应该存储在文件中。否则，rpCache应该存储在redis数据库中，名称就是这个输入字段的值。redis服务器被认为已经启动并正在运行。在
内存管理
文件模式
这是默认模式。所有缓存数据都存储在磁盘上的文件中，并在每次使用该工具时加载到内存中。在这种模式下，内存中的指纹等于内存中加载的缓存文件的大小乘以同时运行的进程数。选项可以由--store-mode file指定。在
分贝模式
为了节省内存空间，缓存数据可以在一个数据库（redis）中加载一次，这样所占用的内存空间就等于缓存的一个实例，而不管运行的进程数是多少。选项可以由--store-mode <db_host>指定，其中db_host是运行redis服务器的主机名。在
安装
rpCompletion需要RDKit，这在pip中不可用。可通过Conda安装：
[sudo] conda install -c rdkit rdkit
从pip
^{pr2}$来自Conda
[sudo] conda install -c brsynth rpcompletion
跑
rp完成过程
来自Python代码
fromrpcompletionimportrpCompletion,build_args_parserparser=build_args_parser()args=parser.parse_args()rpcompletion=rpCompletion(db=args.store_mode)rpcompletion.rp2ToSBML(args.rp2_pathways,args.rp2paths_compounds,args.rp2paths_pathways,args.outdir)
来自CLI
python -m rpcompletion \ rp2_pathways.csv \ rp2paths_compounds.csv \ rp2paths_pathways.csv \ <outdir>
测试
可以运行测试。为此，请遵循以下说明：
cd tests
./test-in-docker.sh
作者
- Melchior du Lac
- Joan Hérisson
致谢
- 多哥
许可证
rpCompletion是根据麻省理工学院的许可证发布的。有关详细信息，请参阅许可证文件。在
- 项目
标签：
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