RNASeQC度量的多样本可视化
rnaseqc的Python项目详细描述
RNA SeQC Python实用程序
此模块包含RNA SeQC的实用程序代码
安装
- 来自pip:
pip install rnaseqc - 从git repo:
pip install -e python（从git repo的根调用）
使用
这不会安装控制台入口点。可以通过以下三种方法之一调用实用程序：
- 从主模块：
python3 -m rnaseqc ... - 调用目标模块：
python3 -m rnaseqc.example ... - 直接调用脚本：
python3 python/rnaseqc/example.py
公用事业
rnaseqc模块包含5个主要实用程序。为了得到更多的帮助，
使用-h或--help选项调用实用程序
聚集
聚集来自多个样本的RNA-SeQC输出
python3 -m rnaseqc aggregate [-h] [--parquet] [-o OUTPUT_DIR] results_dir prefix
Jupyter笔记本电脑
创建一个jupyter记事本，其中包含几个用于比较示例的数字
^{pr2}$图
从聚合的RNA SeQC度量表生成数字
python3 -m rnaseqc report [-h] [--tpm TPM] [--insert-size INSERT_SIZE] [--cohort COHORT] [--output-dir OUTPUT_DIR] [--dpi DPI] metrics prefix
插入大小分布
生成一个包含RNA SeQC用于估计样本插入大小分布的间隔的BED文件
python3 -m rnaseqc insert-size [-h] [--min-length MIN_LENGTH] [--min-mappability MIN_MAPPABILITY] [--output-dir OUTPUT_DIR] gtf_path mappability_bigwig prefix
外显子重映射
将RNA seqc2.X.X中的*.exon_reads.gct文件中的外显子名称转换为匹配名称
如RNA SeQC 1.1.9所述
python3 -m rnaseqc legacy-exons gct gtf
- 项目
标签：
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