分析核糖体分析数据的python包
riboraptor的Python项目详细描述
核糖猛禽：分析核糖体轮廓数据的管道
分析核糖体分析数据的python包
- 免费软件：BSD许可证
- 文档：http://saketkc.github.io/riboraptor/
安装
设置条件
- 安装conda，最好的安装方法是使用Miniconda包。建议使用python 3版本。
- 设置频道，按此顺序添加频道非常重要。
conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
安装依赖项
conda create --name riboraptor python=3.6 matplotlib numpy pandas pybedtools \
pyBigWig pyfaidx pysam scipy seaborn statsmodels six click click-help-colors htseq biopython \
snakemake sra-tools star fastqc trim-galore ucsc-bedgraphtobigwig ucsc-bedsort
安装Riboraptor
source activate riboraptor
git clone git@github.com:saketkc/riboraptor.git
cd riboraptor
python setup.py install --single-version-externally-managed --record=/tmp/record.txt
从sra下载数据集
- 安装aspera connect
- 安装其他依赖项
source activate riboraptor conda install gcc conda install -c r r=3.4.1 conda install -c bioconda bioconductor-annotationdbi bioconductor-geometadb conda install -c r r-devtools
由于bioconductor sradb目前存在缺陷，我们将从github安装它
git clone https://github.com/seandavi/SRAdb
cd SRAdb
运行r，并在r中安装sradb使用devtools
library(devtools)devtools::install(".")
历史记录
0.2.0（2018年4月23日）
- pypi上的第一个版本。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
