视网膜主题映射工具
retinotopic-maps的Python项目详细描述
视网膜主题图软件包
庄军摄 &；copy；2016艾伦学院 电子邮件：junz<；at>；alleninstitute<；dot&；gt；org
为了更全面地介绍和解释本单元，请 请参阅我们的[文档]（http://retinotopic-mapping.readthedocs.io/）
retinotopic映射包是一个自包含的模块 用于执行鼠标的自动分段 视觉皮层实验装置和分析程序是 修改自Garrett等人2014（1），密切关注 Juavinett等人记录的协议和程序2016年 （二）。
代码库包含几个刺激例程，它们是 高度可定制，旨在为用户提供 创新实验设计的灵活性与控制性在那里 是软件包的两个不同但又相互关联的方面：
一。在线实验组件包括 监视器设置，刺激程序，以及 显示刺激模块
2.提供离线自动分析组件 通过retinopicmapping模块
分析以小鼠大脑皮层的视觉高度和方位图为输入，计算视觉 每个像素的符号和自动分割皮质表面进入初级视觉皮质和多个更高的 视觉皮质理想情况下，可视高度和方位图可以由 群体皮层对周期性扫描棋盘视觉刺激的反应（3，4）
该软件包还提供了一些有用的绘图功能来可视化结果
请查看“examples”文件夹中的jupyter笔记本，以获取需要进行实验的文档 从stimulusroutine.py模块生成的数据集，然后执行自动视觉分割 使用retinotopic.py模块的小鼠皮层
###贡献者： *庄君庄1981 *约翰·耶瑟利@yearsj *德里克·威廉姆斯@derricw
####语言：
- Python2.7
####安装： ` cd <package_path> python setup.py install `
####依赖关系：
- Numpy，1.10.4版或更高版本
- scipy，0.17.0或更高版本
- OpenCV Python，2.4.8或更高版本
- SCIKIT图像，0.12.3版或更高版本
- matplotlib，1.5.1版或更高版本
- TIFF文件，0.7.0版或更高版本
- 心理变态，1.7版或更高版本
- Pydaqmx，1.2版或更高版本 *需要National Instruments DAQMX驱动程序，版本15.0或更高版本
####参考文献：
- Garrett Me，Nauhaus I，Marshel JH，Callaway EM（2014）小鼠视觉皮层的地形和区域组织。神经学杂志34:12587-12600
- Juavinett al，Nauhaus I，Garrett Me，Zhuang J，Callaway EM（2017年）。利用内在信号成像自动识别老鼠的视觉区域。自然法则。12:32-43分。
- Kalatsky VA，Stryker MP（2003）光学成像的新范式：内在信号的时间编码映射神经元38:529-545。
- Marshel JH，Kaye AP，Nauhaus I，Callaway EM（2012）小鼠外侧膝状体浅核前后方向对合。神经元76:713-720。
- Mi Sereno，Dale Am，Reppas JB，Kwong KK，Belliveau JW，Brady TJ，Rosen Br，Tootell RB（1995）功能磁共振成像揭示的人类多个视觉区域的边界。科学268:889-893
- Mi Sereno，McDonald CT，Allman JM（1994）纹外皮质视网膜主题图分析。小脑皮质4:601-620
####问题：
- 大多数图像分析参数定义为像素数，而不是微米。
- 在windows下工作，但在Mac和Linux上没有完全测试
欢迎加入QQ群-->： 979659372
