抗药性模拟器
resim的Python项目详细描述
resim（chemorresistance simulator）是一个模拟癌症的python包。 基于随机模型的耐药动力学研究。模型描述了 化疗药物与癌细胞亚群的相互作用 （包括敏感、初级抗性、获得性抗性和静止性 癌细胞）。
resim提供gui（由flask<；http://flask.pocoo.org>；驱动）和cui。
备注：模拟结果在很大程度上取决于输入参数，因此 resim打算与体外试验同时使用。程序或 在试管内识别输入参数 其他地方有记录（希望很快能出版）。
依赖关系
- 烧瓶
- 烧瓶wtf
- 努比
- scipy
- 熊猫
- matplotlib
- 肖伯恩
- 绘声绘色地
- s点
安装
我们强烈建议每个人在虚拟机中安装resim 环境。像往常一样设置VENV并运行
$ pip install resim
否则，在本地安装。
开始-gui
打开命令提示符，只需运行
$ resim-flask
resim现在可以在http://localhost:5000/resim上使用。
notegui提供了一个简化的resim版本 绘声绘色的情节。如果需要更多的输入参数控制，请使用CUI。
高级使用
使用默认参数（根据索拉非尼和肝癌情况校准）：
>>> import resim
>>> model = resim.Simulator()
>>> res = model.simulate()
>>> snsplt_cells = resim.plot_cells(res, subplot=True)
>>> snsplt_drug = resim.plot_drug(res)
>>> snsplt_fht = resim.plot_fht(res)
>>> snsplt_cells.figure.savefig('resim_cells.png')
>>> snsplt_drug.figure.savefig('resim_drug.png')
>>> snsplt_fht.figure.savefig('resim_fht.png')
你可以设置自己的参数。例如，输入体外测定的敏感细胞和耐药细胞的生长率：
>>> import resim >>> model = resim.Simulator(gr=[0.2, 0.1, 0.1]) >>> res = model.simulate()
model.simulate（）返回包含pd.dataframe或 np.数组。要提取结果，：
>>> df_cells = res['case']['cells'] >>> df_drugs = res['case']['drugs'] >>> l_fht_control = res['control']['fht']) >>> l_fht_treatment = res['case']['fht'])
notes图形用户界面输出由plot ly<；https://plot.ly/>；生成。但两者都是 cui return中的细胞图、药物图和细胞图 <；https://seaborn.pydata.org/>；绘图对象。你可以定制自己的主题， 标题，版式。
待办事项
- 增加肝癌常规一线/二线化疗的类方法，pc.
- 添加将肿瘤直径/体积转换为细胞数量的工具。
- 添加用于将倍增时间转换为增长率的工具。
- 添加将半衰期转换为k的工具。
- 添加命令行模块。
- 集成并行编程sde求解模块 <；https://github.com/mattja/nsim>；加速计算。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
