resim 0.1.1

安装

我们强烈建议每个人在虚拟机中安装resim 环境。像往常一样设置VENV并运行

$ pip install resim

否则，在本地安装。

开始-gui

打开命令提示符，只需运行

$ resim-flask

resim现在可以在http://localhost:5000/resim上使用。

notegui提供了一个简化的resim版本 绘声绘色的情节。如果需要更多的输入参数控制，请使用CUI。

高级使用

使用默认参数（根据索拉非尼和肝癌情况校准）：

>>> import resim

>>> model = resim.Simulator()
>>> res = model.simulate()

>>> snsplt_cells = resim.plot_cells(res, subplot=True)
>>> snsplt_drug = resim.plot_drug(res)
>>> snsplt_fht = resim.plot_fht(res)

>>> snsplt_cells.figure.savefig('resim_cells.png')
>>> snsplt_drug.figure.savefig('resim_drug.png')
>>> snsplt_fht.figure.savefig('resim_fht.png')

你可以设置自己的参数。例如，输入体外测定的敏感细胞和耐药细胞的生长率：

>>> import resim

>>> model = resim.Simulator(gr=[0.2, 0.1, 0.1])
>>> res = model.simulate()

model.simulate（）返回包含pd.dataframe或 np.数组。要提取结果，：

>>>  df_cells = res['case']['cells']
>>>  df_drugs = res['case']['drugs']

>>> l_fht_control = res['control']['fht'])
>>> l_fht_treatment = res['case']['fht'])

notes图形用户界面输出由plot ly<；https://plot.ly/>；生成。但两者都是 cui return中的细胞图、药物图和细胞图 <；https://seaborn.pydata.org/>；绘图对象。你可以定制自己的主题， 标题，版式。

文件

在https://resim.readthedocs.io/提供。

待办事项

• 增加肝癌常规一线/二线化疗的类方法，pc.
• 添加将肿瘤直径/体积转换为细胞数量的工具。
• 添加用于将倍增时间转换为增长率的工具。
• 添加将半衰期转换为k的工具。
• 添加命令行模块。
• 集成并行编程sde求解模块 <；https://github.com/mattja/nsim>；加速计算。