人胰岛调节浏览器
regulome-web的Python项目详细描述
！[]（https://bitbucket.org/batterio/regulame-web/raw/master/regulame-app/webapp/static/images/regulame-logo.jpg）
此存储库包含胰岛调节浏览器的代码。
胰岛调节浏览器是一个可视化工具，可以查看人类胰岛tf绑定的
、人类胰岛开放染色质状态、enh的簇
癌细胞、胰岛基序和2型糖尿病关联图
p值以及整个基因组中
所需分辨率水平下的神奇空腹血糖p值。除了这些标准曲目之外，
用户还可以上传自己的变体或区域
集以供临时显示。
*将来可能会用到的可选模块有：
*intervaltree
*sqlalchemy
*flask sqlalchemy
*matplotlib
*[r]（https://www.r-project.org/）
*[imagemagick]（http://www.imagemagick.org/）
（~8gb）联系作者（info@isletregulame.com）下载它们。
如何安装Regulome浏览器可以通过多种方式安装：通过PYPI（推荐）
pip install reglome\<
<<
pip install reglome_web-2.0.tar.gz
put，put，put，put，put，br/>
如有必要，程序i的正确版本n包名
*克隆正规库：
`git clone git@bitbbucket.org:batterio/reglome web.regit`
*安装包：
`pip install-e.`
*或*
` python setup.py`
//br/>首先，安装如上所述的规则网。然后编写"regulame_web--help`
以获得有关regulame_web使用情况的一些基本信息。
安装包后，通过执行
"regulame_web init"创建所需的结构。此命令将创建一个文件夹结构，即
和一个"regulame.cfg"配置文件。配置
文件，然后通过执行"regulame_web start"运行regulame_web。
这将在"http://127.0.0.1:5000/"上启动本地web服务器。要使用web服务（如apache）部署regolome web，请改用'regolome.wsgi'
文件。为了在生产中使用Regulome Web，应使用安全的"secret_key"（在"Regulome.cfg"
配置文件中设置）配置Regulome Web，并应将"Regulome.cfg"文件的"deploy_mode"部分设置为"production"。
配置文件由7个字段组成，用方括号表示：
**binaries**：包含两个变量：
**rscript_bin**：r binary的路径
**imagemagick**：imagemagick转换工具的路径
**working_directory**：包含一个变量：
**cwd**：当前工作目录。此字段由程序在执行"regulame_web init"时自动设置
**data**：包含两个变量：
**data**：r脚本用于生成绘图的数据的路径。默认情况下，程序在当前工作目录（见上文）中搜索文件夹"data"。
**uploads**：存储用户上载文件的路径。默认情况下，程序在当前工作目录（见上文）中搜索文件夹"data/uploads"。
**output**：包含一个变量：
**cache**：保存程序结果（绘图和表格）的路径。默认情况下，程序在curre中搜索文件夹"output"NT工作目录（见上文）。当执行'regulame_web init'
**logs**：包含4个变量时，将创建默认文件夹（如果不存在）：
**log folder**：程序日志的写入路径。默认情况下，程序在当前工作目录中搜索"logs"文件夹（见上文）。执行'regulame\u web init'时，将创建默认文件夹（如果不存在）
**activity\u log**：activity.log文件的路径。默认情况下，此文件放在"log_folder"中
**regolome_log**：regolome.log文件的路径。默认情况下，此文件位于"logu folder"中
**logu level**：日志详细级别：可以是：notset、debug、info、warning、error、critical。默认情况下，日志级别设置为info
**deploy_mode**：包含一个变量：
**configuration**：regolome_web程序的部署模式。可开发、测试、生产。默认情况下，cofiguration设置为development
**secret_key**：包含一个变量：
**key**：用于加密会话Coockies的密钥。一定要把钥匙保密。
此存储库包含胰岛调节浏览器的代码。
胰岛调节浏览器是一个可视化工具，可以查看人类胰岛tf绑定的
、人类胰岛开放染色质状态、enh的簇
癌细胞、胰岛基序和2型糖尿病关联图
p值以及整个基因组中
所需分辨率水平下的神奇空腹血糖p值。除了这些标准曲目之外，
用户还可以上传自己的变体或区域
集以供临时显示。
*将来可能会用到的可选模块有：
*intervaltree
*sqlalchemy
*flask sqlalchemy
*matplotlib
*[r]（https://www.r-project.org/）
*[imagemagick]（http://www.imagemagick.org/）
（~8gb）联系作者（info@isletregulame.com）下载它们。
如何安装Regulome浏览器可以通过多种方式安装：通过PYPI（推荐）
pip install reglome\<
<<
pip install reglome_web-2.0.tar.gz
put，put，put，put，put，br/>
如有必要，程序i的正确版本n包名
*克隆正规库：
`git clone git@bitbbucket.org:batterio/reglome web.regit`
*安装包：
`pip install-e.`
*或*
` python setup.py`
//br/>首先，安装如上所述的规则网。然后编写"regulame_web--help`
以获得有关regulame_web使用情况的一些基本信息。
安装包后，通过执行
"regulame_web init"创建所需的结构。此命令将创建一个文件夹结构，即
和一个"regulame.cfg"配置文件。配置
文件，然后通过执行"regulame_web start"运行regulame_web。
这将在"http://127.0.0.1:5000/"上启动本地web服务器。要使用web服务（如apache）部署regolome web，请改用'regolome.wsgi'
文件。为了在生产中使用Regulome Web，应使用安全的"secret_key"（在"Regulome.cfg"
配置文件中设置）配置Regulome Web，并应将"Regulome.cfg"文件的"deploy_mode"部分设置为"production"。
配置文件由7个字段组成，用方括号表示：
**binaries**：包含两个变量：
**rscript_bin**：r binary的路径
**imagemagick**：imagemagick转换工具的路径
**working_directory**：包含一个变量：
**cwd**：当前工作目录。此字段由程序在执行"regulame_web init"时自动设置
**data**：包含两个变量：
**data**：r脚本用于生成绘图的数据的路径。默认情况下，程序在当前工作目录（见上文）中搜索文件夹"data"。
**uploads**：存储用户上载文件的路径。默认情况下，程序在当前工作目录（见上文）中搜索文件夹"data/uploads"。
**output**：包含一个变量：
**cache**：保存程序结果（绘图和表格）的路径。默认情况下，程序在curre中搜索文件夹"output"NT工作目录（见上文）。当执行'regulame_web init'
**logs**：包含4个变量时，将创建默认文件夹（如果不存在）：
**log folder**：程序日志的写入路径。默认情况下，程序在当前工作目录中搜索"logs"文件夹（见上文）。执行'regulame\u web init'时，将创建默认文件夹（如果不存在）
**activity\u log**：activity.log文件的路径。默认情况下，此文件放在"log_folder"中
**regolome_log**：regolome.log文件的路径。默认情况下，此文件位于"logu folder"中
**logu level**：日志详细级别：可以是：notset、debug、info、warning、error、critical。默认情况下，日志级别设置为info
**deploy_mode**：包含一个变量：
**configuration**：regolome_web程序的部署模式。可开发、测试、生产。默认情况下，cofiguration设置为development
**secret_key**：包含一个变量：
**key**：用于加密会话Coockies的密钥。一定要把钥匙保密。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
