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reference-handler的Python项目详细描述
引用处理程序
一个Python包，用于创建科学材料的参考文献（BibTex，RIS）的综合列表 在Python包中使用。在
动机
建模工具（科学软件、方法或模型）的作者 开发商）目前发现很难将其 软件和科学工作。科学软件开发人员创造 不总是被引用的工具，作为典型的堡垒 科学文章可能不存在。虽然新的机制 直接引用软件最近已经被开发出来（即Zenodo），他们 在计算界没有得到广泛的应用 分子科学。在
方法和模型开发人员也面临类似的问题。比如说 一个分子动力学实践者，他需要用 一种专门的量子力学计算。从业者可能不是 完全熟悉量子力学软件的正确参考 和方法。正确地 包括引用，模型开发人员可能会花费大量的时间 找出要引用的论文。这个问题在 涉及运行数百种不同软件的复杂工作流 可能涉及计算科学不同领域的组件。在
目标
reference handler的目标是为 开发人员要记录适当的引用，以便工具的用户可以 提供一套完整的引文，用于在 方便用户使用的表格。在
reference handler的输出是 参考文献（BibTeX，RIS）以尽可能少的努力进入论文对用户的影响 部分。在
观众
1。方法和科学软件开发人员。
2。计算分子科学从业者
套餐概述
引用处理程序由以下部分组成：
1。中央SQLite3数据库。它包含两个表。 第一个被命名为citation，并保存与每个唯一的相关联的基本数据 引文，例如原始引文文本及其ID号。 第二个是context表。它 包含有关使用给定引文的上下文的信息。例如， 引用的函数或引用的“提及”次数 通过Python包的任何函数。在
每一个引文可以有许多上下文，在两者之间产生一对多的关系 桌子。在
**2。函数简化与中央数据库的交互。**示例是函数 引用所需的引用或函数将数据库的内容转储到 .bib文件，用于使用BibTeX进行后续编译。在
最小示例
importreference_handlerlj_citation="""@article{lj1924,author = {J. E. Jones and Sydney Chapman },title = {On the determination of molecular fields. \&\#x2014;II. From the equation of state of a gas},journal = {Proceedings of the Royal Society of London. Series A, Containing Papers of a Mathematical and Physical Character},volume = {106},number = {738},pages = {463-477},year = {1924},doi = {10.1098/rspa.1924.0082},}"""deflennard_jones(sigma,epsilon,rij):rf.cite(raw=lj_citation,alias='lj_citation',module='lennard_jones',level=1,note='The first version of the Lennard-Jones potential')sig_by_r6=(sigma/rij**6)sig_by_r12=(sig_by_r6**2)return4.0*epsilon*(sig_by_r12-sig_by_r6)rf=reference_handler.Reference_Handler('database.db')sigma=3.54epsilon=98.0rij=20.0lj_energy=lennard_jones(sigma,epsilon,rij)rf.dump(outfile='bibliography.bib')
安装
文件
贡献
引文
版权
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致谢
基于 Computational Molecular Science Python Cookiecutter版本1.0。在
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