QBIC R容器用小型起毛工具
r-lint的Python项目详细描述
版权所有（c）2018 QBIC
特此免费授予获得本软件和相关文档文件（以下简称"软件"）副本的任何人在不受限制的情况下处理本软件中的
，包括但不限于使用、复制、修改的权利，合并、发布、分发、再授权和/或出售本软件的
副本，并允许向其提供本软件的人员这样做，但须满足以下条件：
上述版权声明和本许可声明应包括在所有
副本或实体中软件的一部分。
软件按"原样"提供，不提供任何形式的明示或暗示保证，包括但不限于适销性保证，
适用于特定用途和不侵权。在任何情况下，
作者或版权持有人均不对任何索赔、损害或其他
责任负责，无论是在合同诉讼、侵权诉讼或其他诉讼中，由软件或
软件的使用或其他交易引起的或与之相关的。r/>rmageddon
\35；\35；\35；\35；\35；\35；\35；\35；\35；\35；
…图片：：https://travis-ci.org/qbicsoftware/r-lint-cli.svg？branch=master
：目标：https://travis-ci.org/qbicsoftware/r-lint-cli
。图片：：https://codecov.io/gh/qbicsoftware/r-lint-cli/branch/master/graph/badge.svg
：目标：https://codecov.io/gh/qbicsoftware/r-lint-cli
动机
使用r执行可重复的分析，并与
必要的软件包和所有正确版本的软件包共享r安装的环境状态是一项非常具有挑战性的任务。为了更好地再现计算结果，我们创建了
`rmageddon'，一个小型的命令行工具，它可以帮助构建具有指定版本r的docker容器，以及
一个专用的、版本定义的包安装。
容器集合托管在不同的github存储库上：https://github.com/qbicsoftware/r-container-lib。
那里的所有容器都通过了linting并使用"rmageddon"构建。内容：**目录**
installation
======
code-block：：bash
$pip install r-lint
代码-block：：bash
$pip安装git+https://github.com/qbicsoftware/r-lint-cli
。PYPI:https://pypi.org/
…pip:https://pypi.org/project/pip/
在*R-lint*：
。code code -block:: bash <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<> \\\\\ \\ \\\\\ \\\\\\\\\ \\\\\\\\ \\ \uuu& lt; \\\\\\\uuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuu\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\ \\\\\\\\\\\\\\\\\ \\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\ /~u/ < br />
2018，qbic软件，sven fillinger
sven.fillinger@qbic.uni tuebingen.de
用法：r-lint[options]命令[args]…
选项：
--版本显示版本并退出。
-v，--详细详细输出（打印调试语句）
--帮助显示此消息并退出。
如果要知道每个子命令的位置参数和选项，只需键入"r-lint build--help"或
"r-lint lint--help`"。
子命令<；lint>；实际上是根据某些指定的规则集检查r容器项目。目前，*r-lint*假设项目结构如下：
…代码块：：bash
。
数据
输入数据的集合
环境。yml//conda environment recipe
代码块：：bash
$r-lint lint/path/to/project
linting将默认报告警告和失败。**失败**事件将被记录，如果您没有提供：
-名为"docker file"的文件，docker容器的receipe
-名为"environment.yml"的文件，**conda配置文件**
t提供：
-一个名为"data"的文件夹，其中包含r分析的输入数据
-一个名为"scripts"的文件夹，其中r脚本本身
dockerfile
对于"dockerfile"，有些事情是必需的，例如：
-`` label name``容器的名称。需要匹配regex``（q q）[a-za-z0-9]{4}-rananalysis``，例如**qtest rananalysis**
-``label maintainer``-带有电子邮件的容器维护者的名称，例如**sven fillinger<；sven.fillinger@qbic.uni tuebingen.de>；**
-``label version`-"语义版本标准"后面的3位数字版本字符串
-``label organization`-组织名称
-``label github`-指向github存储库的链接
_语义：https://semver.org/
离子。
然后它接受这些离子，并检查"水蟒云"中是否有预定义的通道"[默认，R，Bioconda]"。如果成功，它将自动添加"environment.yml"中版本对应的conda包。如果找不到包，将在命令行上打印警告。如果找不到包的指定版本，它将在命令行上打印可用版本。
若要启动生成，请确保您有活动的Internet连接，并使用以下命令运行它：
。代码块：：bash
$r-lint build<；r package list>；environment.yml
``r package list``可以从活动r会话中获取，该会话用于成功运行r分析。在R控制台中，只需键入：
…代码块：：r
>；sessioninfo（）$otherpkgs
_蟒蛇：https://anaconda.org/
关键词：r，linting，lint，docker，container
平台：未知
特此免费授予获得本软件和相关文档文件（以下简称"软件"）副本的任何人在不受限制的情况下处理本软件中的
，包括但不限于使用、复制、修改的权利，合并、发布、分发、再授权和/或出售本软件的
副本，并允许向其提供本软件的人员这样做，但须满足以下条件：
上述版权声明和本许可声明应包括在所有
副本或实体中软件的一部分。
软件按"原样"提供，不提供任何形式的明示或暗示保证，包括但不限于适销性保证，
适用于特定用途和不侵权。在任何情况下，
作者或版权持有人均不对任何索赔、损害或其他
责任负责，无论是在合同诉讼、侵权诉讼或其他诉讼中，由软件或
软件的使用或其他交易引起的或与之相关的。r/>rmageddon
\35；\35；\35；\35；\35；\35；\35；\35；\35；\35；
…图片：：https://travis-ci.org/qbicsoftware/r-lint-cli.svg？branch=master
：目标：https://travis-ci.org/qbicsoftware/r-lint-cli
。图片：：https://codecov.io/gh/qbicsoftware/r-lint-cli/branch/master/graph/badge.svg
：目标：https://codecov.io/gh/qbicsoftware/r-lint-cli
动机
使用r执行可重复的分析，并与
必要的软件包和所有正确版本的软件包共享r安装的环境状态是一项非常具有挑战性的任务。为了更好地再现计算结果，我们创建了
`rmageddon'，一个小型的命令行工具，它可以帮助构建具有指定版本r的docker容器，以及
一个专用的、版本定义的包安装。
容器集合托管在不同的github存储库上：https://github.com/qbicsoftware/r-container-lib。
那里的所有容器都通过了linting并使用"rmageddon"构建。内容：**目录**
installation
======
code-block：：bash
$pip install r-lint
代码-block：：bash
$pip安装git+https://github.com/qbicsoftware/r-lint-cli
。PYPI:https://pypi.org/
…pip:https://pypi.org/project/pip/
在*R-lint*：
。code code -block:: bash <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<> \\\\\ \\ \\\\\ \\\\\\\\\ \\\\\\\\ \\ \uuu& lt; \\\\\\\uuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuu\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\ \\\\\\\\\\\\\\\\\ \\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\ /~u/ < br />
2018，qbic软件，sven fillinger
sven.fillinger@qbic.uni tuebingen.de
用法：r-lint[options]命令[args]…
选项：
--版本显示版本并退出。
-v，--详细详细输出（打印调试语句）
--帮助显示此消息并退出。
如果要知道每个子命令的位置参数和选项，只需键入"r-lint build--help"或
"r-lint lint--help`"。
子命令<；lint>；实际上是根据某些指定的规则集检查r容器项目。目前，*r-lint*假设项目结构如下：
…代码块：：bash
。
数据
输入数据的集合
环境。yml//conda environment recipe
代码块：：bash
$r-lint lint/path/to/project
linting将默认报告警告和失败。**失败**事件将被记录，如果您没有提供：
-名为"docker file"的文件，docker容器的receipe
-名为"environment.yml"的文件，**conda配置文件**
t提供：
-一个名为"data"的文件夹，其中包含r分析的输入数据
-一个名为"scripts"的文件夹，其中r脚本本身
dockerfile
对于"dockerfile"，有些事情是必需的，例如：
-`` label name``容器的名称。需要匹配regex``（q q）[a-za-z0-9]{4}-rananalysis``，例如**qtest rananalysis**
-``label maintainer``-带有电子邮件的容器维护者的名称，例如**sven fillinger<；sven.fillinger@qbic.uni tuebingen.de>；**
-``label version`-"语义版本标准"后面的3位数字版本字符串
-``label organization`-组织名称
-``label github`-指向github存储库的链接
_语义：https://semver.org/
离子。
然后它接受这些离子，并检查"水蟒云"中是否有预定义的通道"[默认，R，Bioconda]"。如果成功，它将自动添加"environment.yml"中版本对应的conda包。如果找不到包，将在命令行上打印警告。如果找不到包的指定版本，它将在命令行上打印可用版本。
若要启动生成，请确保您有活动的Internet连接，并使用以下命令运行它：
。代码块：：bash
$r-lint build<；r package list>；environment.yml
``r package list``可以从活动r会话中获取，该会话用于成功运行r分析。在R控制台中，只需键入：
…代码块：：r
>；sessioninfo（）$otherpkgs
_蟒蛇：https://anaconda.org/
关键词：r，linting，lint，docker，container
平台：未知
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