python的密码子使用表,来自kazusa.or.jp
python_codon_tables的Python项目详细描述
python密码子表图片:https://travis-ci.org/edinburgh-genome-foundry/codon-usage-tables.svg?branch=master
:target:https://travis ci.org/edinburgh genome foundry/codon usage tables
为python 3+提供密码子使用表作为字典。
《黑色素胃病》*
-*大肠杆菌*
-*G.Gallus*
-*H.Sapienss*
-*M.M.M.M.M.M.M.M.M.M.M.S.S.S.S.S.S.S.S.M.M.M.M.S.S.M.S.S.M.S.S.S.S.M.M.M.M.M.S.M.M.M.S.M.M.M.S.S.S.S.S.S.S.S.S.cerevisiaea*
<所有表格均来自于“kazusa.or.jp或.jp http://www.kazusa.or.br/>…编码:
国际DNA序列数据库中列出的密码子使用情况:
2000年的状态。
Nakamura,Y.,Gojobori,T.和Ikemura,T.(2000)NUCL.酸资源28,292.
代码::python
import python_codon_tables as pct
\pct.available_-codon_-tables_-names)
按名称加载一个表
table=pct.get_-codons_-table_-subtilis_1423年‘
print(table['t']['aca']]]]\;return0.4
print(table['''''']['taa']]>print(table['''''']['taa']]]<0.61
/>按按Tax加载一个表加载一个表(如果不加载一个表,它将从互联网上下载br/>内置表
table=pct.get_codons_表(1423)
print(table['t'['t']['aca']];返回0.4
print(table[''''']['taa']];返回0.61
;一次性加载所有内置表
codons_tables=pct.get_所有可用的密码子表
prinprin(codons_codons_codons_所有可用的密码子表
prinprin(codons_表['c''u elegans'''['c''u elegans'''''''''''''aca']]]]]]];返回0 6239']['l']['cta'])返回0.09
-请注意,默认情况下,这些表使用核苷酸t而不是u。使用
`` get_codons_table('e_coli',replace____=false)``将使我们成为我们。
-在`` get_codons_table`中,您还可以提供一个“速记”符号
`` b_subtilis`,它将自动扩展到“b_subtilis_1423”,因为
它出现在内置表中(自行承担风险!)
贡献
——
本项目由Zulko在爱丁堡基因组铸造厂启动,并在“Github<;https://github.com/edinburgh genome foundry/codon usage tables>;”上发布,获得公共域许可证(不提供任何保证,如果不确定,请与其他来源交叉检查密码子使用情况)。如果您想到更常用的物种,请随意添加其他表格。
安装
----
通过PIP:
……代码::bash
pip安装python_codon_tables
手册:
…代码::bash
(sudo)python setup.py install
:target:https://travis ci.org/edinburgh genome foundry/codon usage tables
为python 3+提供密码子使用表作为字典。
《黑色素胃病》*
-*大肠杆菌*
-*G.Gallus*
-*H.Sapienss*
-*M.M.M.M.M.M.M.M.M.M.M.S.S.S.S.S.S.S.S.M.M.M.M.S.S.M.S.S.M.S.S.S.S.M.M.M.M.M.S.M.M.M.S.M.M.M.S.S.S.S.S.S.S.S.S.cerevisiaea*
<所有表格均来自于“kazusa.or.jp或.jp http://www.kazusa.or.br/>…编码:
国际DNA序列数据库中列出的密码子使用情况:
2000年的状态。
Nakamura,Y.,Gojobori,T.和Ikemura,T.(2000)NUCL.酸资源28,292.
代码::python
import python_codon_tables as pct
\pct.available_-codon_-tables_-names)
按名称加载一个表
table=pct.get_-codons_-table_-subtilis_1423年‘
print(table['t']['aca']]]]\;return0.4
print(table['''''']['taa']]>print(table['''''']['taa']]]<0.61
/>按按Tax加载一个表加载一个表(如果不加载一个表,它将从互联网上下载br/>内置表
table=pct.get_codons_表(1423)
print(table['t'['t']['aca']];返回0.4
print(table[''''']['taa']];返回0.61
;一次性加载所有内置表
codons_tables=pct.get_所有可用的密码子表
prinprin(codons_codons_codons_所有可用的密码子表
prinprin(codons_表['c''u elegans'''['c''u elegans'''''''''''''aca']]]]]]];返回0 6239']['l']['cta'])返回0.09
-请注意,默认情况下,这些表使用核苷酸t而不是u。使用
`` get_codons_table('e_coli',replace____=false)``将使我们成为我们。
-在`` get_codons_table`中,您还可以提供一个“速记”符号
`` b_subtilis`,它将自动扩展到“b_subtilis_1423”,因为
它出现在内置表中(自行承担风险!)
贡献
——
本项目由Zulko在爱丁堡基因组铸造厂启动,并在“Github<;https://github.com/edinburgh genome foundry/codon usage tables>;”上发布,获得公共域许可证(不提供任何保证,如果不确定,请与其他来源交叉检查密码子使用情况)。如果您想到更常用的物种,请随意添加其他表格。
安装
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通过PIP:
……代码::bash
pip安装python_codon_tables
手册:
…代码::bash
(sudo)python setup.py install