测试图像分析软件的真实和模拟数据
pythologist-test-images的Python项目详细描述
#pythogist test images
用于单元测试等的图像
列出可用的数据集：
``python
from pythogist_test_images import testimages
>；['irisspatialfeatures'，'small'，“tiny”]
获取指向数据集的路径
``python
path=testimages（）.raw（'irisspatialfeatures'）
print（path）
````
>；'/source/pythogist test images/data/irisspatialfeatures/example'
获取一个celldataframe pythogist对象（需要pythologistreader和pythogist`pip install pythogist test images[h5]`）
``python
cdf=testimages（）.celldataframe（'tiny'）
tdf=cdf.threshold（'t-cell'，'pd1'）.threshold（'other'，'pdl1'）.threshold（'tumor'，'pdl1'）
tdf.loc[tdf['sample\u name'].str.contains（'i'），'project\u name']='slidemodelifriltrated'
tdf.loc[tdf['sample\u name'].str.contains（'e'），'project\u name']='slidemodelexcluded'
tdf.loc[tdf['sample\u name'].str.contains（'u'），“项目名称”]=“幻灯片幻灯形式”
tdf[“项目ID”]=tdf[“项目名称”]
（ggplot（cnts，aes（x=”样本名称“，y=”平均密度“，
ymin=”平均密度“+stderr密度“，
ymax=”平均密度“-stderr密度”，fill='项目名称'）
+geom_bar（stat='身份'）
+geom_errorbar（）
+facet_wrap（'表型标签'，scales='自由'）
+主题_bw（）
+主题（面板间距x=0.5）
+主题（图大小=（6,6））
）
``````
！[计数图像]（https://github.com/jason-weirate/pythogist-test-images/raw/master/images/counts.png？原始=真）
用于单元测试等的图像
列出可用的数据集：
``python
from pythogist_test_images import testimages
>；['irisspatialfeatures'，'small'，“tiny”]
获取指向数据集的路径
``python
path=testimages（）.raw（'irisspatialfeatures'）
print（path）
````
>；'/source/pythogist test images/data/irisspatialfeatures/example'
获取一个celldataframe pythogist对象（需要pythologistreader和pythogist`pip install pythogist test images[h5]`）
``python
cdf=testimages（）.celldataframe（'tiny'）
tdf=cdf.threshold（'t-cell'，'pd1'）.threshold（'other'，'pdl1'）.threshold（'tumor'，'pdl1'）
tdf.loc[tdf['sample\u name'].str.contains（'i'），'project\u name']='slidemodelifriltrated'
tdf.loc[tdf['sample\u name'].str.contains（'e'），'project\u name']='slidemodelexcluded'
tdf.loc[tdf['sample\u name'].str.contains（'u'），“项目名称”]=“幻灯片幻灯形式”
tdf[“项目ID”]=tdf[“项目名称”]
（ggplot（cnts，aes（x=”样本名称“，y=”平均密度“，
ymin=”平均密度“+stderr密度“，
ymax=”平均密度“-stderr密度”，fill='项目名称'）
+geom_bar（stat='身份'）
+geom_errorbar（）
+facet_wrap（'表型标签'，scales='自由'）
+主题_bw（）
+主题（面板间距x=0.5）
+主题（图大小=（6,6））
）
``````
！[计数图像]（https://github.com/jason-weirate/pythogist-test-images/raw/master/images/counts.png？原始=真）
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