一套针对脓肿的代谢模型分析工具。
PyscesToolbox的Python项目详细描述
脓肿箱
这是一套针对脓肿的代谢模型分析工具。
pyscestoolbox目前提供以下工具：
- 一般供需分析。
- 符号代谢控制分析和控制模式分析。
- 从代谢模型生成模型模式。
- 区分热力学和动力学贡献 接近反应速率。
- 交互式绘图
pyscestoolbox设计用于jupyter笔记本，但是 大多数核心功能应该在普通的python脚本中工作。
有关文档，请访问http://pyscestoolbox.readthedocs.org" rel="nofollow">http://pyscestoolbox.readthedocs.org。 虽然所有主要工具都有文档记录，但文档仍然是 正在工作。
要求
以下是要求的简要清单。python依赖项 将在通过PIP安装pyscestoolbox时自动安装。 有关安装 要求见文件 http://pyscestoolbox.readthedocs.io/ ，
- python 2.7安装
- 完整的scipy堆栈（请参见http://scipy.org/install.html" rel="nofollow">http://scipy.org/install.html）
- pysces（请参见http://pysces.sourceforge.net/download.html" rel="nofollow">http://pysces.sourceforge.net/download.html或安装 使用 pip安装pysces ）
- maxima（请参见http://maxima.sourceforge.net/download.html" rel="nofollow">http://maxima.sourceforge.net/download.html）
- Jupyter笔记本电脑（4.x.x系列中的版本）
注意：
所需的软件包应在使用时自动下载和安装 在下面的安装中指定的命令。
Maxima只是Symca的要求。
安装
最新版本的pyscestoolbox可以通过pypi安装 在终端（或相当于Windows）中运行以下命令：
pip install pyscestoolbox
要启用小部件，您可能需要运行以下命令：
jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension jupyter nbextension install --py --user d3networkx_psctb jupyter nbextension enable --py --user d3networkx_psctb
最新的开发版本可以通过github安装：
pip install git+https://github.com/PySCeS/PySCeSToolbox.git
对于2015-11-11之前的版本：
pip install git+https://github.com/exe0cdc/ipython-d3networkx.git pip install git+https://github.com/PySCeS/PySCeSToolbox.git@f63b5ab660f103105750159885608a5f48de1551
基本用法
在jupyter笔记本中启动pyscestoolbox会话：
- 使用jupyter notebook命令启动jupyter notebook 在终端中
- 单击右上角的 新建 按钮创建新笔记本 并选择 python 2
- 在第一个单元格中运行以下三个命令：
%matplotlibinlineimportpyscesimportpsctb
如果使用Linux或 c:\ pysces\psc\ 适用于Windows。
重要注意事项
针对2015年12月3日发表在《BMC系统生物学》上的"利用广义供需分析追踪代谢调控途径"的读者：
使用ipython笔记本文件作为 纸张，请安装指定的最新版本的pyscestoolbox 在安装下
两个pysces mdl模型文件包含为"addition file 1"和 运行笔记本需要"添加文件2"。他们应该是 更名为"hoefnagel_-moiety_ratio.psc"和"curien.psc"， 分别是。更多说明包含在笔记本和 在本页上。
Firefox用户应该使用不同的浏览器或 切换到BMC系统生物学网站的新测试版。
更改：
因为这个项目还处于初级阶段，未来的变化可能会打破 老剧本。这些类型的变化将保持在最低限度，并将 请在此处记录。
2017-02-09的变化：完全交叉兼容性
2017年2月9日，Symca通过Maxima提供的支持已添加到Pyscestoolbox 在Windows上。配置文件位于 c:\ pysces\psctb_config.ini可用于指定 最大值.bat 。但是，默认情况下，pyscestoolbox应该检测 如果已使用 默认选项。此更改不应影响任何较旧的脚本 保存以使它们独立于平台。
2017-02-02的变化：放弃了iPython笔记本3.x.x支持
截至2017-02-02，iPython Notebook 3.x.x支持已放弃 赞成Jupyter 4.x.x.这不应影响 脚本（基于2015-11-11之前版本的脚本除外）。 但是，从这个日期起，Pyscestoolbox将需要Jupyter笔记本 以便使用其交互功能。注意，ipywidgets 自动安装Jupyter笔记本的要求）需要您 运行命令 " jupyter nbextension enable --py --sys prefix widgetsnbextension " 在笔记本中启用小部件之前。
2015年11月11日的变更：API变更
在2015年11月11日进行了重大更改，可能会破坏编码的脚本 在这个日期之前。这些更改与方法和 领域。对于2015-11-11之前的脚本，我们建议使用 pyscestoolbox的版本（在安装中注明）。 还可以手动移植脚本，并提供必要的详细信息 在将脚本移植到最新版本下概述的更改 版本
将脚本移植到最新版本
方法和变量名以及它们所属的分析对象 于2015年11月11日变更，见下表。到港口 任何旧脚本只需将任何方法/变量的旧名称更改为 新名称。
费率字符
<表> < COLGROUP > < COL/> < COL/> <广告> 旧名称 新名称 < /广告> <正文> 保存 保存会话 负载 加载会话 绘图数据 扫描结果 MCA数据 MCA结果 图分解 进行MCA扫描 <表>热塑性塑料
<表> < COLGROUP > < COL/> < COL/> <广告> 旧名称 新名称 < /广告> <正文> 反应 反应结果 MCA数据 EC U结果 反应名称* J_反应名称 标准扫描 进行par_扫描 <表>*反应名称是指反应的命名，如 模型文件。
symca
<表> < COLGROUP > < COL/> < COL/> <广告> 旧名称 新名称 < /广告> <正文> cc 抄送结果 ccn* 抄送结果 保存 保存会话 负载 加载会话 标准扫描 进行par_扫描 <表>*ccn指的是 当内部代谢物固定且 内部固定时产生 dou symca 的参数设置为 真
数据2d
<表> < COLGROUP > < COL/> < COL/> <广告> 旧名称 新名称 < /广告> <正文> 绘图数据 扫描结果 保存数据 保存结果 <表>欢迎加入QQ群-->： 979659372
