PYPPL报表生成系统
pyppl-report的Python项目详细描述
Pyppl_报告
用于PyPPL
的报表生成系统安装
需要pandoc 2.7+（创建pdf报告时需要wkhtmltopf0.12.4+）
pyppl_report要求pandoc/wkhtmltopdf安装在$PATH
pip install pyppl_report
用法
模板规格
pPyClone.report="""## {{title}}PyClone[1] is a tool using Probabilistic model for inferring clonal population structure from deep NGS sequencing.}})```tablecaption: Clustersfile: "{{path.join(job.o.outdir, "tables/cluster.tsv")}}"rows: 10```[1]: Roth, Andrew, et al. "PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer." Nature methods 11.4 (2014): 396."""# or use a template filepPyClone.report="file:/path/to/template.md"
生成报告
PyPPL().start(pPyClone).run().report('/path/to/report',title='Clonality analysis using PyClone')
用于渲染的额外数据
您可以在<job.outdir>下生成一个名为job.report.data.yaml的YAML文件，其中包含额外的数据来呈现报表模板。除此之外，还可以使用proc属性和args。
例如：
job.report.data.yaml：
description:'Aawesomereportforjob1'
然后在您的模板中，您可以使用它：
## {{jobs[0].description}}
显示csv/tsv文件
的表格```table caption : An awesome table file : /path/to/csv/tsv/file header : true width : 1 # width of each column total_width: .8 # total width of the table align : default # alignment of each column rows : 10 # max rows to show cols : 0 # max cols to show, default: 0 (show all) csvargs : # csvargs for `csv.read` dialect: unix delimiter: "\t"
您还可以为单个列指定width和align：
width:-.1-.2-.1
参考文献
我们使用[1]，[2]…要链接到引用，必须有html链接（格式为[text](link)，而不是[text][link-index]）。来自不同流程的所有引用都将重新排序和组合。
高级用法
欢迎加入QQ群-->： 979659372
