读取和写入phylip对齐文件的python模块

pyphylip的Python项目详细描述


关于pyphylip

以phylip序列format读取和写入文件。

安装

因为pyphylip是为pypi打包的, 它可以通过以下方式安装:

$ pip install pyphylip

用法

根据文件中的行源解码phylip序列文件:

>>> with open('infile.phy') as f:
...     headers, sequences = pyphylip.decode(f)

将一些头和相应的序列编码为phylip序列文件:

>>> with open('outfile.phy', 'w') as f:
...     f.write(pyphylip.encode(headers, sequences) + '\n')

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