读取和写入phylip对齐文件的python模块
pyphylip的Python项目详细描述
关于pyphylip
以phylip序列format读取和写入文件。
安装
因为pyphylip是为pypi打包的, 它可以通过以下方式安装:
$ pip install pyphylip
用法
根据文件中的行源解码phylip序列文件:
>>> with open('infile.phy') as f: ... headers, sequences = pyphylip.decode(f)
将一些头和相应的序列编码为phylip序列文件:
>>> with open('outfile.phy', 'w') as f: ... f.write(pyphylip.encode(headers, sequences) + '\n')