beagle sed拟合工具结果后处理包
pyp-beagle的Python项目详细描述
PYP比格犬
py p beagle（pythonpostprocessing ofbeagle）是一个python包，用于对galaxy sed建模工具执行的分析进行后处理。galaxy seds的分析。pyp beagle允许创建不同类型的出版物质量图、乳胶表以及一些更高级别的"摘要"目录。
安装PYP Beagle
确保你有一个（科学准备！）安装python 2.7，例如anaconda（python 2.7版本）
要安装pyp beagle，只需运行
pip install pyp_beagle
已知问题
在mac操作系统上，多处理只适用于
agg后端。确保您的~/.matplotlib/matplotlibrc文件包含该行backend : Agg如果遇到与LaTex相关的错误，或者绘图的视觉外观不令人满意，可以将MatPlotLib配置文件
script/MatPlotLibrc复制到$home/.matPlotLib/文件夹中（如果文件夹不存在，则创建它）。如果您已经有一个定制的matplotlibrc文件，那么您可以使用gnudiff命令来更新它。pyp beagle假设beagle环境变量在您的机器上设置正确。请注意，虽然这些环境变量与Docker Beagle使用的环境变量相同（请参见此处的），但它们必须指向计算机上的实际文件夹，而不是Docker Beagle us使用的"虚拟"文件夹锿。要正确设置环境变量，可以使用
scripts/beagle_env_variable.bash或scripts/beagle_env_variable.csh文件。实际上，在修改文件以反映beagle文件夹树之后，您只需在.bashrc（或.tcshrc或等效文件）的末尾添加一行
source <full path to the file>/BEAGLE_env_variable.bash
使用pyp beagle
beagle结果的后处理通过命令pyp_beagle执行。由于pyp beagle经常被更新，您可以使用命令通过pyp beaglehelp可视化（整个）可能的选项。
pyp_beagle --help
下面我们报告一些常见的pyp beagle用例和相关命令。
绘制后验概率分布图（也称为"三角形图"）
命令
pyp_beagle -r <your Beagle results folder> \ --plot-triangle \[-np <number of processors>]\[--json-triangle <JSON triangle file>]\[--mock-catalogue <input mock catalogue>]\[--json-mock <JSON mock file>]
< < /P>
<；您的beagle结果文件夹>；必须替换为beagle输出目录的完整路径；<；处理器数量>；是一个整数，表示可以使用多少个处理器并行执行脚本。当为大样本（>；1000）生成绘图时，这一点尤为重要，因为创建每个单独的绘图可能需要几十秒。<；json triangle file>；是一个用于三角图配置的json文件（应该绘制哪些参数、日志比例、打印限制，…），可以找到一个示例这里；<；input mock catalogue>；表示beagle fits文件，其中包含用于构造无噪seds的输入（即"true"）物理参数，该seds随后已安装beagle（添加噪声后，必须在beagle外部执行）。注意，在这种情况下，必须传递<；json mock file>；，因为我们必须指示pyp beagle where（其中适合扩展名和列）查找"true"参数。在本例中使用的<；json mock file>；示例可以在这里找到
输出
脚本的成功执行将在您的beagle results文件夹中创建一组*_triangle.pdf文件（每个对象一个）。/pyp beagle/plot文件夹。
绘制数据和模型观测值的比较图（也称为"边际图"）
命令
pyp_beagle -r <your Beagle results folder> \ --plot-marginal \[-np <number of processors>]\[--log-wavelength]\[--plot-line-labels]\[--spectral-resolution <resolution>]\
< < /P>
<；您的beagle结果文件夹>；必须替换为beagle输出目录的完整路径；<；处理器数量>；是一个整数，表示可以使用多少个处理器并行执行脚本。当为大样本（>；1000）生成绘图时，这一点尤为重要，因为创建每个单独的绘图可能需要几十秒；<；resolution>；是表示光谱分辨率的浮点，用于确定打印在绘图上的发射线标签。
输出
脚本的成功执行将在<；beagle results folder>；/pyp beagle/plot文件夹中创建一组*\u marginal\sed\u spec.pdf文件（每个对象一个）。
计算摘要目录
命令
pyp_beagle -r <your Beagle results folder> --compute-summary [--json-summary <JSON summary file>]
< < /P>
<；您的beagle结果文件夹>；必须替换为beagle输出目录的完整路径；<；json summary file>；是用于配置摘要目录的json文件，指定应计算哪些参数的摘要统计信息（后验平均值和中位数、68%和95%可信区域）。在这里可以找到一个示例
输出
脚本的成功执行将创建文件<；beagle results folder>；/pyp beagle/data/beagle_summary_catalogue.fits
拟合模拟观测值时绘制输入和检索参数的比较
命令
pyp_beagle -r <your Beagle results folder>
--mock-catalogue <input mock catalogue> \
--json-mock <JSON mock file>
< < /P>
<；您的beagle结果文件夹>；必须替换为beagle输出目录的完整路径；<；input mock catalogue>；表示beagle fits文件，其中包含用于构造无噪seds的输入（即"true"）物理参数，该seds随后已安装beagle（添加噪声后，必须在beagle外部执行）。注意，在这种情况下，必须传递<；json mock file>；，因为我们必须指示pyp beagle where（其中适合扩展名和列）查找"true"参数。在本例中使用的<；json mock file>；示例可以在这里找到
输出
脚本的成功执行将创建文件<；beagle results folder>；/pyp beagle/plot/beagle_mocketrieved_params_hist.pdf和<；您的beagle结果文件夹>；/pyp beagle/plot/beagle_mock_retrieved_params.pdf
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