用于模拟和分析显微镜点扩展函数（PSFs）的python库
pyotf的Python项目详细描述
皮托夫
用python语言编写的光学显微镜光学传递函数（OTF）/点扩散函数（PSF）建模的仿真软件包。在
简介
这个包的大部分文档都包含在源代码中，应该可以在任何交互式会话中使用。本文档的目的是快速概述包的功能和潜在用途。大部分代码在设计时都考虑到了交互式会话，但它仍然可以用于更大的脚本和程序中。在
安装
使用conda安装最简单：
conda install -c david-hoffman pyotf
组件
该软件包由四个组件模块组成：
otf.py其中包含用于生成不同类型的otf和psf的类phase_retrieval.py它包含执行光学系统后孔径迭代{a1}的函数和类zernike.py，其中包含计算Zernike Polynomials的函数utils.py，其中包含在整个包中使用的各种实用程序函数。在
你知道吗otf.py公司
本模块提供两种光学成像系统模型，一种由Hanser et al描述，另一种由Arnison and Sheppard描述。事实上，它们在数学上是等价的，但在实践中它们各有优缺点。HanserPSF的一大好处是它允许计算PSF的选定z平面。然而，如果选择的z平面不是等间距的，那么由模型计算的场OTF（OTFa）和强度OTF（OTFi）将没有物理意义。在
SheppardPSF和{
- 工作波长（假设为单色光）
- 物镜的数值孔径
- 介质的折射率
对于数值计算，我们还需要知道x/y分辨率和点数。注意，假设z是物镜的光轴。在
相位_检索.py
本模块中实现的相位恢复算法由Hanser et. al描述。在
你知道吗泽尼克.py
Zernike Polynomials是在单位圆盘上定义的正交函数。作为正交函数，定义在单位圆盘上的任何函数都有一个独特的分解成Zernike多项式。在这个软件包中，Zernike多项式被用来量化光学系统的回瞳的相位和幅度的变化。为此，可以调用一个PhaseRetrievalResult对象的fit_to_zernikes方法，该方法将为后瞳孔检索到的相位和幅度调整指定数量的Zernike模式，并返回一个ZernikeDecomposition对象。为了方便起见，返回的ZernikeDecomposition还保存为PhaseRetreivalResult对象的属性，该对象调用了fit_to_zernikes方法。ZernikeDecomposition对象具有绘图方法，以便用户可以检查分解。ZernikeDecomposition物体也有重建相位、幅度或完全复瞳孔的方法，这些方法可以反馈到{PhaseRetreivalResult类的成员，但稍后可能会移动到ZernikeDecomposition类。在
你知道吗实用工具.py
utils的大部分内容对于普通用户save-one函数是没有用的：prep_data_for_PR(data, xysize=None, multiplier=1.5)。prep_data_for_PR顾名思义，可以使用phase_retrieval模块的retrieve_phase函数快速准备PSF图像数据以进行相位检索。在
LabVIEW应用程序接口
在\labview\Test Phase Retrieval.vi中给出了从LabVIEW（>；2018）输入3D堆栈并运行此python函数的示例
用例
参考文献
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