用于分析开放式Ephys数据的Python包。
pyopenephys的Python项目详细描述
pyopenephys
用于Open Ephys的python阅读器。
安装
要安装pyopenephys软件包，请打开一个终端并运行：
pip install pyopenephys
如果要从源安装并获取最新更新，请克隆repo并在本地安装：
git clone https://github.com/CINPLA/pyopenephys cd pyopenephys python setup.py install # use 'python setup.py develop' to install fixed bugs
基本用法
pyopenephys允许用户加载用Open Ephys记录的数据。目前，只支持binary（推荐）和openphys（在将来的版本中将不再支持此格式）。
第一步是创建一个File对象。它只需要将paht传递到记录文件夹。
importpyopenephysfile=pyopenephys.File("path-to-recording-folder")
文件对象包含不同的实验（对应于不同的设置文件），每个实验包含一组记录。
# all experimentsexperiments=file.experimentsprint(len(experiments))# recordings of first experimentexperiment=experiments[0]recordings=experiment.recordingsprint(len(experiments))# access first recordingrecording=recordings[0]
实验存储一些有用的信息：
experiment.datetime包含创建实验的开始日期和时间experiment.sig_chain是包含信号链中的处理器和节点的字典experiment.settings是一个字典，其中包含已分析的setting.xml文件experiment.acquisition_system包含用于输入连续数据的系统（例如，“节奏fpga”）
录制包含实际数据：
recording.duration是录制的持续时间（秒）recording.sample_rate是采样频率（赫兹）recording.analog_signals是AnalogSignal对象的列表，这些对象依次具有signal、times（在s中）和channel_id字段。recording.events是EventData对象的列表，这些对象依次有times（s）、channels、channel_states、full_words、processor、node_id和metadata字段。recording.tracking是TrackingData对象的列表，这些对象依次有times（s）、x、y、width、height、channels和metadata字段。跟踪数据用Tracking插件（https://github.com/CINPLA/tracking-plugin）记录，并仅以binary格式保存（不以openphys格式保存）。recording.spiketrains是SpikeTrain对象的列表，这些对象依次有times、waveforms、electrode_indices、clusters和metadata字段。通过开放式Ephys图形用户界面中的Spike Viewer接收器，结合Spike Detector和Spike Viewer来保存峰值序列。
只需几行代码，数据和相关信息就可以轻松解析和访问：
importpyopenephysimportmatplotlib.pylabaspltfile=pyopenephys.File("path-to-recording-folder")# experiment 1 (0 in Python)experiment=file.experiments[0]# recording 1 recording=experiment.recordings[0]print('Duration: ',recording.duration)print('Sampling Rate: ',recording.sample_rate)analog_signals=recording.analog_signalsevents_data=recording.eventsspiketrains=recording.spiketrains# tracking_data are accessible only using binary formattracking_data=recording.tracking# plot analog signal of channel 4signals=analog_signals[0]fig_an,ax_an=plt.subplots()ax_an.plot(signals.times,signals.signal[3])# plot raster for spike trainsfig_sp,ax_sp=plt.subplots()fori_s,spinenumerate(spiketrains):ax_sp.plot(sp.times,i_s*np.ones(len(sp.times)),'|')plt.show()
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